Hjem

Utdanning

Masteremne

Fylogenetiske metodar

Undervisningssemester

Høst

Undervisningsstad

Bergen

Mål og innhald

Teoretisk og praktisk innføring i fylogeniestimering ved bruk av parsimoni-, likelihood-, og distansemetoder. Behandling av morfologiske og molekylære karakterer. Bruk av fylogenier for å studere historisk biogeografi, karakterevolusjon, koevolusjon, evolusjonshastighet og molekylære klokker.Kurset gir en teoretisk innføring i fylogenetiske metoder med tema som omhandler ulike datatyper, egenskaper ved fylogenetiske trær, modeller for evolusjonær endring, fylogenetisk signal, modelltesting, parsimony, ¿likelihood¿, Bayesianske metoder, karakterrekonstruksjon og fylogenetisk hypotesetesting. Gjennom praktiske øvelser vil studenten få erfaring med noen av de mest hyppig brukte dataprogram i fylogenetisk forskning, blant annet PAUP *, MrBayes, og BEAST. Deltakerne vil lære å forberede sine data, utforske egenskapene til data, utføre ulike former for tresøk og hvordan en kan presentere sine resultater med ulike grafiske programmer.

Læringsutbyte

Kurset sikter mot å sette studenten i stand til å kunne reprodusere sentrale deler av fylogenetiske analyser fra et gitt publisert forskningsarbeid og til å kunne vurdere resultat og konklusjoner i slike arbeid. Ved fullført kurs skal studenten kunne forberede og utføre fylogenetiske analyser ved å:

  • nytte egnet programvare til å sammenstille DNA sekvensdata
  • finne og benytte relevant ¿Genbank¿-informasjon om homologe DNA-sekvenser
  • finne leseramme for proteinkodande gen med en relevant kodontabell
  • sammenstille ulike datasett i én fil og definere ulike partisjoner av data
  • skrive kommandofiler som inkluderer / ekskluderer deler av data i ulike operasjoner
  • finne de beste evolusjonsmodellene for ulike datasett og definere disse modellene for bruk i aktuelle dataprogram
  • beregne trelengde og ¿likelihood¿ for et gitt fylogenetisk tre
  • bruke optimale tresøkemetoder med parsimoni og ¿likelihood¿
  • bruke Bayesiske metoder i søk etter tretopologi, beregning av sannsynlighet greiner, greinlengder og parameterverdier for en modell
  • bruke ulike molekylære klokker
  • presentere ulike grafiske formater av fylogenetiske trær for publisering
  • vise god forståelse av sammenhenger mellom strukturen i fylogenetiske trær og fortolkninger av de evolusjonsbiologiske prosesser som produserer ulike trestrukturer

Krav til forkunnskapar

Bachelor i biologi eller tilsvarende.

Tilrådde forkunnskapar

BIO210

Krav til studierett

For oppstart på emnet er det krav om ein studierett knytt til eit masterprogram/Ph.d-utdanninga ved Det matematisk-naturvitskaplege fakultet, samt at du oppfyller ev opptakskrav

Obligatorisk undervisningsaktivitet

Forelesninger

Vurderingsformer

Mappeevaluering.

Karakterskala

Ved sensur av emnet vert karakterskalaen A-F nytta.

Vurderingssemester

Haust.

Emneevaluering

 Studentane skal evaluere undervisninga i tråd med UiB og instituttet sitt kvalitetssikringssystem.

Eksamensinformasjon

  • Vurderingsordning: Mappeevaluering

    Trekkfrist
    01.11.2017