Bioinformatiske metodar I

Undervisningsspråk

Engelsk

Krav til forkunnskapar

Ingen

Læringsutbyte

Etter fullført emne skal studenten kunne:

• forklåre korleis log-odds scoringsmatriser (t.d. PAM, BLOSUM) er utvikla
• lage program for å samanstille og å finne mønstre i ein familie av sekvensar og forklåre samanhengen med evolusjonære tre
• forklåre korleis proteinstrukturar blir skildra og klassifisert, og lage program for å finne likskapar (mønstre) mellom to eller fleire strukturar
• bruke kunnskap om bruk av massespektrometri i proteomikk til å utvikle program som er relevant i dette arbeidet
• forstå korleis DNA-sekvensering kan brukast for å kartlegge genom og genuttrykk, og protein-DNA interaksjonar
• forstå bruk av mikromatriser, sekvensering og proteomikk i funksjonell genomforsking, og kunne utvikle program for utvalde deloppgåver

Kontaktinformasjon

Forelesar og Administrativ kontaktperson finn du på Mi side, kontakt ev studiekonsulenten på Insituttet.

Undervisningsmetodar

Undervisningsformen kan bli endret dersom det er få studenter som deltar.

Undervisningssemester

Vår

Eksamenssemester

Det er ordinær eksamen kvart semester

Undervisningsspråk

Engelsk

Krav til studierett

For oppstart på emnet er det krav om ein studierett knytt til eit masterprogram/Ph.d-utdanninga ved Det matematisk-naturvitskaplege fakultet, samt at du oppfyller ev opptakskrav

Mål og innhald

Metodar for analyse av biologiske sekvensar og strukturar blir gjennomgått, blant anna metodar for oppdagaing og beskriving av fellestrekk (motiv), og korleis desse kan brukast til klassifisering. Andre tema relatert til genomanalyse og proteomikk kan også bli tatt opp, dette kan variere frå år til år.

Læringsutbyte/resultat

Etter fullført emne skal studenten kunne:

• forklåre korleis log-odds scoringsmatriser (t.d. PAM, BLOSUM) er utvikla
• lage program for å samanstille og å finne mønstre i ein familie av sekvensar og forklåre samanhengen med evolusjonære tre
• forklåre korleis proteinstrukturar blir skildra og klassifisert, og lage program for å finne likskapar (mønstre) mellom to eller fleire strukturar
• bruke kunnskap om bruk av massespektrometri i proteomikk til å utvikle program som er relevant i dette arbeidet
• forstå korleis DNA-sekvensering kan brukast for å kartlegge genom og genuttrykk, og protein-DNA interaksjonar
• forstå bruk av mikromatriser, sekvensering og proteomikk i funksjonell genomforsking, og kunne utvikle program for utvalde deloppgåver

Krav til forkunnskapar

Ingen

Tilrådde forkunnskapar

Byggjer på INF280, STAT101

Fagleg overlapp

I283: 10 SP

Obligatoriske arbeidskrav

Obligatoriske oppgåver. Obligatoriske aktivitetar er gyldige i 2 semester.

Vurderingsformer

Munnleg eksamen. Det er høve til munnleg midtvegseksamen og/eller å gje karakterar på oppgåver som kan inngå i sluttkarakteren.

Karakterskala

Ved sensur av emnet vert karakterskalaen A-F nytta.

Undervisningssted

Bergen

Emneevaluering

Studentane skal evaluere undervisninga i tråd med UiB og instituttet sitt kvalitetssikringssystem.

Kontaktinformasjon

Forelesar og Administrativ kontaktperson finn du på Mi side, kontakt ev studiekonsulenten på Insituttet.