Studere bioinformatikk

Bioinformatikk er et relativt nytt fagområde i skjæringspunktet mellom informatikk og biologi. Den teknologiske utviklingen innen molekylærbiologien de senere årene har gitt en eksplosiv vekst av forskjellige typer data. Teknikker og metoder fra informatikk blir brukt for å løse problemer relatert til analyse av disse dataene. Et enkelt eksempel er å bruke metoder for strengsøking for å finne gen-sekvenser som ligner hverandre i store gen-databaser. For å løse slike problemer trenger man generelle metoder fra informatikk, og man kan dessuten utvikle nye, spesialiserte metoder for bioinformatikk-problemet.

Universitetet i Bergen var tidlig ute med å tilby undervisning i bioinformatikk, som det første universitetet i Norge og et av de første internasjonalt. Etablering av studietilbudet har skjedd i et nært samarbeid mellom Institutt for informatikk og Molekylærbiologisk institutt. Undervisningen har hele tiden vært knyttet til forskning som foregår i miljøet her. Til nå (2011) er 40 cand. scient/masterstudenter uteksaminert, og 8 dr. scient.

Arbeidsmarkedet for bioinformatikere i Norge er foreløpig først og fremst knyttet til akademia. Feltet er under oppbygging ved de fleste norske universiteter, og i tillegg til bioinformatikk-sentre og -grupper vil også mange større biologiske/medisinske forskningsmiljøer ha behov for bioinformatikere. Internasjonalt er etterspørselen etter bioinformatikere stor, både i akademia og i industrien (f.eks. legemiddelindustri, bioteknologi). Et bioinformatikk-studium gir også studenten ekspertise og kvalifikasjoner som er sterkt etterspurt utenfor bioinformatikk, f.eks. innen databaser, data mining, og distribuerte system.
Av de 40 masterstudentene som er  uteksaminert i bioinformatikk har 16 av dem har begynt i bioinformatikkstillinger, 12 av dem i stipendiat-stillinger, de resterende innen programmering ved Universitetetene i Oslo og Bergen og ved Rikshospitalet. Andre kandidater har fått jobber blant annet i olje-relaterte selskaper (f.eks. Statoil, Schlumberger), IT/konsulent-selskaper som f. eks. system-utviklere og konsultenter.

 

Bioinformatikkgruppen ved instituttet har et tett faglig samarbeid med Computational Biology Unit (CBU). Gruppen og CBU holder til i samme etasje i Høyteknologisenteret. Studenter i institutt-gruppen kan motta veiledning fra CBU-forskere, og studenter ved CBU er typisk knyttet til Institutt for informatikk eller Molekylærbiologisk institutt. CBU driver forskning innen bioinformatikk, gir kurs på forskernivå, og tilbyr tjenester innen bioinformatikk til norske og utenlandske brukermiljø. CBU er koordinerende partner i FUGE-plattformen for bioinformatikk.

Gruppen tilbyr masteroppgaver som er rettet mot reelle problem, ofte initiert av molekylærbiologer. Oppgavene inneholder vanlegvis en praktisk komponent som inkluderer implementasjon av en metode og utprøving på reelle biologisk data.

CBU tjener som et bindeledd mellom bioinformatikk-gruppen ved Institutt for informatikk og biologer. Sammen utgjør bioinformatikk-gruppen og CBU et tverrfaglig og internasjonalt miljø.

FORBEREDELSER TIL MASTERGRAD I BIOINFORMATIKK
Å ta en mastergrad innenfor bioinformatikk krever vanlig god bakgrunn i informatikk og et kurs i statistikk. Flere kurs i matematikk er ønskelig, spesielt innen lineær algebra. Det kreves ingen forkunnskaper i biologi eller kjemi, da det blir gitt en innføring i det i første semester. Studenter med noe bakgrunn i kjemi og molekylærbiolog har imidlertid en stor fordel.

For en som planlegger en mastergrad i bioinformatikk, er følgende opplegg for Bachelorgraden (ved Universitetet i Bergen) en god bakgrunn:

1. semester H Ex Phil MAT111 INF100 2. semester V MNF130 MAT121 INF101 3. semester H KJEM110/100 INF121 INF102 4. semester V MOL100 INF110 INF112 5. semester H INF-valg STAT101/100 INF280 6. semester V INF-valg Valg INF142

Dette betyr at to av kursene som ellers må tas i første semester i masterstudiet, er tatt (INF280 og molekylærbiologi). Disse kan da erstattes av for eksempel MOL200, samt ett kurs som kan velges etter råd fra bioinformatikkgruppa.

PLAN FOR MASTERSTUDIET
I studiet inngår en masteroppgave, som kan være lang (2 semestre) eller kort (1 semester). En normal gjennomføringsplan for en student med generell Bacelorgrad i informatikk vil være

Lang oppgave
1. semester H: INF234, INF280, MOL301 eller valg
2. semester V: INF282, MOL100 eller valg,  STAT200 eller valg
3. og 4. semester: Masteroppgave

Kort oppgave
De to første semestre kan være som for lang oppgave, i tredje semester blir kurs valgt i samarbeid med veileder.

Tema for oppgaven blir normalt valgt ved slutten av første semester.

Lenker til mer informasjon: