Masteroppgaver i bioinformatikk

Oppgavene blir relatert til reelle problemstillinger som biologer arbeider med, og blir oftest definert og veiledet i samarbeid med biologer.

Vennligst kontakt

Ledige oppgaver

Vi foretrekker å utforme oppgaver etter samtale med og i samarbeid med interesserte studenter. Vi kan tilby oppgaver knyttet til forskningsaktivitetene i gruppen og ved CBU. Tematisk er følgende felt aktuelle: proteomikk, integrativ bioinformatikk, sekvens-analyse, analyse av struktur-funksjon relasjoner, analyse og prediksjon av protein-strukturer, protein-dynamikk. Teknikker fra maskinlæring, mønster-gjenkjenning, kunstig intelligens og programvare-utvikling blir benyttet. En typisk oppgave omfatter metode-utvikling, implementasjon og utprøving på reelle data.

 

Nucleosome dynamics: which role in DNA transcription?

Biomolecules, such as proteins or DNA, are flexible and dynamical objects. Indeed, unlike the still pictures often shown in textbooks, biomolecules can change their shape and they actually need to do so to perform their duty in the body. The changes of shape, also called structural changes can be small and happen fast, or can be more extensive such as in biomolecular nanomachines.
Nucleosomes are structural units of chromatin and are of fundamental importance in gene regulation and DNA replication. Our group at the Computational Biology Unit has a long-standing expertise in the study of protein dynamics and has contributed to methods development in the field. In addition we have developed a web application, and are currently developing a webservice for the study of protein dynamics. Possible projects will involve the application and further development of our existing codes to protein-DNA assemblies in general and nucleosomes in particular. We mostly use Python.
(More information about the group on our website: http://reutergroup.cbu.uib.no, web application http://apps.cbu.uib.no/webnma)

Supervisor: Nathalie Reuter, CBU

 

Pågående oppgaver

        Det er nå 6 masterstudenter som studerer bioinformatikk

  • Program for prediction of regulatory element in genomes

.            Machine learning (support vector machines) are used

  • Analyzing and prediction of miscleavages in proteins.

             A program for prediction fetching data from data base is developed

  •  Methods for utilizing genomic re-sequencing data to to assess and improve reference assemblies                     

Noen avsluttede oppgaver

  • QALM A tool for automating Quantitative Analysis of LC-MS-MS/MS data
  • MassAnalyzer, a program to help find labeled peptides and compare
    them to their unlabeled counterparts in a SILAC experiment
  • Peakit - A toolkit for peptide identification by use of ms/ms-data
  • Adding biological analysis functions to a PostgresSQL database
  • Massorter - a tool for administrating and analyzing data from mass spectrometry experiments on proteins with known amino acid sequence
  • Image Analysis of Microarrays
  • Phylogenetic Reconstruction of Gene Expression and Alternate mRNA Splicing Patterns
  • Identification of Sets of Possible Posttranslational Modifications in Peptides with Known Amino Acid Sequence Based on MS/MS Spectra Analysis
  • Methods for analysing 2D electrophoretic gel images
  • Predicting subcellular localization of genes using support vector machines
  • Motif composition of 3'-UTRs of human and mouse genes
  • Kvantitativ metode for videovervåking i dynamiske omgivelser
  • Elektronisk dokumentarkiv DelfiDoc
  • Visualization Tools for Bioinformatics
  • Oppdaging av felles kjerne i en mengde av proteiner
  • Bestemming av sekundærstruktur i proteinstrukturar
  • Bruk av gruppe- og nettverksinformasjon i analyse av genuttrykksdata
  • Discovery of associations between sequence patterns and functional properties
  • Evaluering av struktur-modeller
  • Bruk av feil-estimat ved analyse av mikromatrisedata
  • Gjenkjenning av strenger som tilnærmet tilhører et kontekstfitt språk.
  • Reviewing some string searching problems as constraint satisfaction problems.
  • Multippel sammenstilling av proteinsekvenser ved søk med simulert strøkning.
  • Structure prediction of the zinc-finger protein family by the use of a parallel genetic algorithm.
  • Optimal lokal multippel sammenstilling av DNA-sekvenser ved hjelp av parallell branch-and-bound.
  • Implementering av et restriksjonsbasert system for søking etter strukturer i biologiske sekvenser.
  • Parallellisering av programmet Pratt
  • A divide and conquer approach to the radiation hybrid mapping problem
  • Classification of protein structures using self organizing nets
  • Grafisk brukergrensesnitt til mønsteroppdagingsprogrammet Pratt
  • Evolusjonstrær
  • Querying of data sources distributed by means of CORBA