English A A A

Bioinformatikk: lineære motiver i proteiner

Et av våre forskningsfelt er utvikling av en bioinformatisk ressurs for lineære motiver i proteiner, - små, korte aminosyresekvenser som har bestemte, molekylære funksjoner.

Classes of linear motifs

Mange av interaksjonene mellom ulike proteiner i kromatin er mediert av korte, lineære motiver. Et eksempel er aminosyreskevensen 'ARTKQTA' i den N-terminale halen til histon H3. Lysin 4 (K4) i denne sekvensen kan bli metylert av histonmetyltransferaser og finnes ofte i aktivt kromatin.

Det er bioinformatisk vanskelig å analysere slike korte motiver. Vi deltar i et internasjonalt forskningssamarbeid som utvikler ressurser for analyse av slike korte motiver. Prosjektet kalles ELM og ledes av dr. Toby J. Gibson ved EMBL, Heidelberg.