Systematiske mønster for genregulering i kreftceller

Enzymatiske modifikasjonar av histonprotein i kromosoma er viktige for å slå gener av eller på. Ved hjelp av spesifikke antistoff mot desse modifikasjonane kan bitar av dei tilhøyrande DNA regulatorområde bli isolerte og undersøkte på mikromatriser. Ved mikromatrisestasjonen på Gades institutt blir det brukt matriser (chips) med 2 x 244 000 DNA-fragment til såkalla ChIP-chip-analyser av DNA-regulatorområde som er assosierte med bestemte typer histonmodifikasjonar.

Samtidig blir det utført heilgenom genekspresjonsanalyser på mikromatriser med 44 000 ulike genfragment. Denne analysen kvantiterer genuttrykket frå kvart enkelt av alle menneskelege gener.

Omfattande analyser viser at kombinasjonar av histonmodifikasjonar er felles for heile modular av gener som er koregulerte i kreftceller. Til dømes er gengrupper som normalt bind saman naboceller, nedregulerte ved kreft og har like histonmodifikasjonar sjølv om genene er spreidde på ulike kromosom. Gener som hindrar cellevandring er tilsvarande nedregulerte.

Også modular av regulatorgener, som HOX og microRNA cluster, har koordinert regulering som samsvarar med spesifikke mønster av histonmodifikasjonar.

Dette viser at overordna reguleringsmekanismer, som er potensielt reversible, aktiverer viktige deler av genekspresjonen i kreftceller. Arbeidet viser ein stor kompleksitet ved kreft, men avslører også forenklande og oversiktlege prinsipp som gjer det realistisk å forvente stadig betre innsikt gjennom ein samla internasjonal forskningsinnsats dei neste åra.

Hovuddelen av arbeidet er utført av postdoc Xisong Ke i samarbeid med forskar Anne Margrete Øyan og andre i Karl-Henning Kalland sin forskningsgruppe ved Gades institutt (bilde). Dette er eit samarbeidsprosjekt med Lars A. Akslen og Inge Jonassen sine grupper.

Den engelske versjon gir meir presis info og heile artikkelen kan lesast på følgjande link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

Kalland sin forskningsgruppe ved Gades institutt. Bak frå venstre: Kari Rostad, Karl-Henning Kalland, Jan Roger Olsen, Anne Margrete Øyan. Foran frå venstre: Beth Johannessen, Wencheng Li, Xisong Ke, Hua My Hoang Foto: Kristian Jensen, UiB