Universitetet i Bergen : Doktorgrader

NY DOKTORGRAD

Et genom i rask endring

Rolf Brudvik Edvardsen   
Rolf Brudvik Edvardsen disputerer fredag 29. april for dr.scient. graden ved Universitetet i Bergen med avhandlingen:

"Rapid genome evolution in the urochordate lineage of Oikopleura dioica"

Genomet er organismens arvemateriale, og består av gener som koder for proteiner og av såkalt ikke-kodene DNA sekvenser uten tilsynelatende funksjon. Størrelsen på genomet hos ulike arter viser stor variasjon, men paradoksalt nok gjenspeiles ikke dette i antall gener, noe som er overraskende likt i vidt forskjellige organismer slik som pattedyr og insekter. Avhandlingen omhandler oppbyggingen av genomet og genene til Oikopleura dioica, et svært vanlig zooplankton langs kysten.

Det viste seg at Oikopleura har det minste og mest kompakte genomet som er blitt beskrevet i noe dyr. Oikopleuras lille genom er trolig et resultat av forminskningen av et større genom, hvor mye ikke-kodene DNA er tapt. Antall gener er lite endret, men tettheten av dem er eksepsjonelt høy. Intron-ekson organiseringen i genene til Oikopleura er forbausende divergent, selv innen gitte genfamilier. Denne avvikende intron organiseringen kan muligens motvirke uheldige rekombinasjoner av DNA under meiosen. Svært konserverte familier av utviklingsgener har blitt dramatisk endret i Oikopleura. Hox genene, den mest studerte gruppen av homeoboksgener, har som funksjon å forme den anteroposteriore kroppsaksen. I alt fra insekter til mennesker ligger disse genene tett sammen og som perler på en snor i kromosomene, noe som har blitt sett på som essensielt for at disse genene skal fungere korrekt. Hos Oikopleura er flere Hox gener tapt, og de resterende er spredt rundt i genomet. Også komplementet av homeoboksgener generelt har blitt kraftig forandret hos Oikopleura. Et overraskende stort antall grupper av disse genene finnes ikke hos Oikopleura, mens enkelte andre grupper har blitt mangedoblet.

Avhandlingen tegner et bilde av et dyr som har gjennomgått store forandringer på genom- og gennivå, noe som kan gjenspeiles i Oikopleuras forenklete form og livsstil.

Personalia:
Rolf Brudvik Edvardsen er født i Bergen og oppvokst i Bergen og Tromsø. Han tok sin cand.scient eksamen i molekylærbiologi ved Universitetet i Bergen i 1998. Hans doktorarbeide er utført ved Sars International Centre for Marine Molecular Biology under veiledning av Prof. Daniel Chourrout.

Tidspunkt og sted for disputasen:
29.04.2005, kl. 10:15, Store Auditorium (rom 2144), 2. etasje i Datablokken ved Høyteknologisenteret i Bergen (HIB), Thormøhlensgate 55.

Kontaktpersoner:
Rolf Brudvik Edvardsen, tlf 55584319, epost: rolf.edvardsen@sars.uib.no
Formidlingsavdelingen v/ mediekontakt Mia Kolbjørnsen, tlf. 55 58 90 39 (a),
epost: mia.kolbjornsen@form.uib.no

Avhandlingen kan lånes på Det matematisk-naturvitenskapelige fakultetsbibliotek. For kjøp/bestilling: kontakt kandidaten direkte.


Offisiell side