NY DOKTORGRAD

Dataverktøy for betre forståing av proteinfunksjon

Katharina Reksten Tufteland disputerer fredag 9. februar for PhD graden ved Universitetet i Bergen med avhandlinga:

"Function prediction and annotation of protein domains"

Protein er viktige byggesteinar i cellene og involvert i mange sentrale prosessar. Dersom eit protein ikkje fungerer som det skal, kan dette bidra til sjukdom. For å finna best mogeleg behandlingsmetodar mot sjukdom er det difor viktig å vita korleis protein fungerer. Å forstå korleis eit protein fungerer, er ofte ei vanskeleg oppgåve ettersom mange protein er bygd opp av fleire mindre modular som kvar har sin eigen funksjon. Dette gjer funksjonen til protein svært kompleks og ofte vanskeleg å studera.

Når ein skal studera funksjonen til eit protein er det viktig å setja seg inn i den informasjonen som allereide finst om proteinet. Slik informasjon kan til dømes vera kva for modular som finst i proteinet, om nokre av modulane har ein kjent funksjon og om proteinet finst i eit større proteinkompleks. Hovudkjelda for slik informasjon finst i dag i vitskaplege artiklar i Medline. Dei store datamengdene som er i Medline og metodane som vert nytta til å søkja i databasen gjer at det ofte kan vera vanskeleg og tidkrevjande å finna den rette informasjonen. For å gjera det enklare å sjå samanhanger som ellers kan forsvinna i store datamengder, har me utvikla ein database kalt EDDA (Experiment-Derived Data Analysis). EDDA lagrar informasjon om protein, deira modular og funksjonar på ein konsistent måte som gjer den lett å finna fram i.

Ein anna metode som vert nytta til å forstå proteinfunksjon er å samanlikna aminosyresekvensen til protein frå ulike organismar. Mange protein har gjennom utviklinga av nye organismar (evolusjon) bevart den same funksjonen, noko som gjer at ein ved å studere biologiske prosessar i bananfluger kan få nyttig informasjon om menneske. Slike protein som har bevart sin funksjon gjennom evolusjonen har ofte liknande aminosyresekvensar og vert kalla homologe protein. Inndelinga av protein i modular kompliserer samanlikninga av homologe protein ettersom samansetjinga av modulane sjeldan er heilt den same. Ei viss formeining om funksjonen til eit protein kan ein likevel få dersom ein kjenner funksjonen til ein eller fleire av modulane i eit av dei homologe proteina. Proteindomene er ein type modul som er vanleg og nytta i samanlikninga av homologe protein. Me har nytta tilgjengeleg kunnskap om slektskap og funksjonen til proteindomene i homologe protein til å laga grupper av proteindomener. Desse gruppene har så vorte nytta til å predikera funksjonen til proteindomene i nye protein med ukjend funksjon.

Personalia:
Katharina Reksten Tufteland (f. 1977) er oppvaksen på Fitjar. Ho avla cand. scient. eksamen i molekylærbiologi ved Universitetet i Bergen i 2002. Doktorgradsarbeidet er utført ved Molekylærbiologisk Institutt.

Tid og stad for disputasen:
09.02.2007, kl. 10:15, Store Auditorium (rom 2144), 2. etasje i Datablokken ved Høyteknologisenteret i Bergen (HIB), Thormöhlensgate 55.

Kontaktpersonar:
Katharina Reksten Tufteland, epost: Katharina.Reksten.Tufteland@hydro.com
Formidlingsavdelinga v/ mediekontakt Monika Sandnesmo, tlf. 55 58 91 70 (a), e-post: monika.sandnesmo@form.uib.no

Avhandlinga kan lånast på Det matematisk-naturvitskaplege fakultetsbibliotek. For kjøp/bestilling av avhandlinga kontakt kandidaten direkte.