Universitetet i Bergen : Doktorgrader

NY DOKTORGRAD

Biomedisinsk bildebehandling i studiet av levende celler

Erlend Hodneland   
Erlend Hodneland disputerer 12. desember for PhD-graden ved Universitetet i Bergen med avhandlingen:

”Biomedical image processing in the study of living cells”

De siste årene har kvaliteten på mikroskoper økt dramatisk. Dette har ført til en utstrakt bruk av mikroskoper for å studere funksjonen til levende celler. Man tar bilder av cellene under ulike påvirkinger for å lære mer om biokjemiske sammenhenger. Enorme datamengder blir generert, fra både tre-dimensjonale bilder og også fra bildeserier i tid. En manuell analyse er særlig krevende på grunn av de store datamengdene. Derfor er det et ønske om å bruke datamaskiner som kan utføre automatiske analyser.

Doktorgraden handler om å generere en automatisert metode for analyse av celler i mikroskopbilder. Dette kan spare både tid og menneskelige ressurser. I avhandlingen er det laget dataprogrammer for automatisk gjenkjenning av celler i tredimensjonale cellebilder. Dette kalles for segmentering av celler. I tillegg har det blitt demonstrert ytterligere anvendelsesområder for automatisk segmentering. I den forbindelse har det har blitt laget programmer som kan gjenkjenne mindre cellestrukturer som tunneling nanotubes (TNTer) og vesikler. TNTer er kommunikasjonskanaler mellom celler, og i årene som kommer forventes det at det blir oppdaget nye og hittil ukjente funksjoner til disse. Vesikler er små blæreformete strukturer i cellene som inneholder proteiner og signalmolekyler.

Avhandlingen har vist at det er mulig å kombinere automatisk cellesegmentering med automatisk deteksjon av TNTer og vesikler for å studere viktige biologiske fenomener.

Personalia:
Erlend Hodneland er født i 1974 og oppvokst i Bergen. Han utdannet seg til cand. scient. ved Universitetet i Bergen i 2003. I perioden 2005-2008 har han jobbet med doktorgraden samme sted, og har vært tilknyttet Institutt for biomedisin med Bygg for biologiske basalfag (BBB) som arbeidssted.

Tidspunkt og sted for prøveforelesningen:
08.12.2008, kl. 14:15. Oppgitt emne: "Principles and clinical applications of image tracking and tracing methods, with particular reference to perfusion"
Sted: Store auditorium, Sentralblokken, Haukeland Universitetssykehus.

Tidspunkt og sted for disputasen:
09.12.2008, kl. 10:15, Store auditorium, Sentralblokken, Haukeland Universitetssykehus.

Kontaktpersoner:
Erlend Hodneland, epost: erlend.hodneland@biomed.uib.no
Mediekontakt Therese Marianne Istad, tlf. 55 58 91 70 (a),
epost: therese.istad@form.uib.no

Avhandlingen kan lånes på Bibliotek for medisinske og odontologiske fag. Avhandlingen er elektronisk tilgjengelig i BORA. For kjøp/bestilling av avhandlingen, kontakt kandidaten direkte.


Offisiell side