Universitetet i Bergen : Doktorgrader

NY DOKTORGRAD

Genom-duplikasjon hos Atlantisk laks

Sutada Mungpakdee   
Sutada Mungpakdee disputerer fredag 31. oktober for PhD-graden ved Universitetet i Bergen med avhandlingen:

"Genome duplication and Hox cluster evolution in Atlantic salmon"

Hele-genom-duplikasjon er et sjeldent evolusjonært fenomen hos dyr og regnes som en viktig forutsetning for den evolusjonære avstamningen av nye arter. Det har skjedd to runder (2R) duplikasjoner av hele-genomet tidlig i evolusjonen av vertebrater. En tredje runde (3R) genom duplisering er antatt å ha funnet sted hos noen fiskearter. I tillegg har man en teori om at det har skjedd en ny fjerde runde (4R) duplisering av hele-genomet hos noen teleoster for 25-100 millioner år siden som førte til overflødige gener, for eksempel hos laksefisk.

Hox-gener har en sentral rolle i å styre tidlig fosterutvikling hos vertebrater og insekter. Hox-gener er tett gruppert på genomet og derfor gode modeller for å studere genom-duplikasjon.

Avhandlingen handler om evolusjonære studier av genom duplisering med spesiell vekt på den siste (4R) dupliseringen ved å bruke hox-gene og Atlantisk laks som modeller. I dette arbeidet har det vært gjort omfattende kloning og kartlegging av 13 hox grupper med til sammen over 120 gener på lakse genomet. Dupliserte laks hox-gener er sammenlignet med hverandre og med hox-gener fra andre vertebrater som ikke har 4R duplikasjoner. Bare rundt halvparten (45-49) av hox-gener (7 grupper) ble funnet hos fiskearter som ikke har 4R duplikasjoner (for eks fugu og zebra fisk), noe som understøtter teorien om duplikasjonen. Beregning av hastigheten på evolusjonen av dupliserte gener tyder på at positiv seleksjon (neo-funksjonalisering) var redusert etter duplisering. De fleste dupliserte gener har symmetrisk evolusjon, men asymmetriske forandringer ble også funnet i noen gener både fra de siste og de gamle duplikasjoner av fiskegenomet. For paralogene med markant hastighet på evolusjonen var det ikke noe som tyder på neo-funksjonalisering. Resultater fra in situ hybridisering viser at mange hox-gener med 4R duplikasjonener har forskjeller i uttrykksmønster. Uttrykksmønstre som tyder på spatiale sub-funksjonalisering og/eller nye uttrykks sted ble funnet for kun ett gen-par fra gamle duplikasjoner.

Personalia:
Sutada Mungpakdee er født og oppvokst i Bangkok, Thailand. Hun har Mastergrad fra King Mongkut’s University of Science and Technology Thonburi i Thailand. I 2003 startet hun PhD-studiene ved Universitetet i Bergen. Doktorgradsarbeidet er gjennomført ved Sars Internasjonale Senter for Marin Molekylærbiologi under veiledning av professor Daniel Chourrout og professor Hee-chan Seo.

Tidspunkt og sted for disputasen:
31.10.2008, kl. 10:15, Stort Auditorium, rom 2144, Datablokken, Høyteknologisenteret, Thormøhlensgt. 55

Kontaktpersoner:
Sutada Mungpakdee, epost: Sutada.Mungpakdee@sars.uib.no
Mediekontakt Therese Marianne Istad, tlf. 55 58 91 70 (a),
epost: therese.istad@form.uib.no

Avhandlingen kan lånes på Bibliotek for realfag. For kjøp/bestilling av avhandlingen, kontakt kandidaten direkte.


Offisiell side