Universitetet i Bergen : Doktorgrader

NY DOKTORGRAD

Datametoder avdekker nye mekanismer for kontroll av gener

Altuna Akalin   
Altuna Akalin disputerer onsdag 14. april 2010 for PhD-graden ved Universitetet i Bergen med avhandlingen: ”Analysis of long-range regulatory elements and their target genes in animal genomes”

Avhandlingen handler om hvordan gener blir kontrollert i utviklingen av dyr fra et befruktet egg til fødsel. DNA i dyr inneholder all informasjon nødvendig for å kontrollere hvordan utviklingen skal foregå. Denne informasjonen er representert i DNA som proteinkodende gener og ikke-kodende regioner som regulerer når og hvor gener blir brukt. Genene blir brukt til å generere proteiner som utfører en lang rekke funksjoner, for eksempel å virke som enzymer, regulatoriske eller signal molekyler, eller de kan fungere som viktige strukturelle komponenter.

Nøyaktig kontrollert produksjon av spesifikke proteiner til rett tid og sted er veldig viktig i hvert utviklingssteg. Enhver forstyrrelse i genaktivitet kan resultere i komplekse sykdommer, som kreft eller feilaktig utvikling av organer. Å kontrollere genaktivitet er derfor sentralt for hvordan organismer utvikles. Genaktivitet i løpet av utviklingen er kontrollert av ikke-kodende regulatoriske regioner i DNA. Å vite hvor i DNA disse regionene er og hvordan de fungerer, er sentralt for å forstå genetiske kontrollmekanismer i utvikling. Dette er ofte en utfordring siden regulatoriske regioner kan være lokalisert i stor avstand fra genet som blir regulert.

Metoder utviklet i denne studien bidrar til å identifisere regulatoriske kontrollmekanismer for gener, som er viktige for utviklingen av dyr. Metodene utnytter sammenlignende genomikk (sammenligning av DNA-sekvenser fra forskjellige organismer), data fra biologiske eksperimenter, og datametoder. Studien identifiserer et sett gener som spiller en viktig rolle i utvikling og som også blir regulert av komplekse mekanismer som virker fra lang avstand. I tillegg er genene identifisert i denne studien assosiert med kreft og komplekse sykdommer. Å forstå de regulatoriske mekanismene som styrer disse genene kan dermed hjelpe oss å forstå hvordan komplekse sykdommer dannes.

Personalia:
Altuna Akalin ble født i1983 i Ankara, Tyrkia. Han tok sin bachelorgrad i Naturvitenskap innen bioteknologi i 2005 ved Sabanci Universitetet i Istanbul. I løpet av bachelorstudiumet hadde han utvekslingsopphold ved Universitetet i Uppsala, Sverige og Ohio State University, USA. Han fortsatte sine studer som PhD student ved Molekylærbiologisk institutt og ved Computational Biology Unit, som er en del av Bergen senter for Beregningsvitenskap. I løpet av sin PhD har han også hatt et opphold ved RIKEN Omics Science Center i Japan.

Tidspunkt og sted for disputasen:
14.04.2010, kl. 10:15, Stort auditorium, Høyteknologisenteret, Thormølensgate 55.

Kontaktpersoner:
Altuna Akalin, tlf: 55 58 43 54, epost: altuna.akalin@uni.no
Mediekontakt Sigrid Sulland, tlf. 55 58 69 00 (a),
epost: sigrid.sulland@form.uib.no

Avhandlingen kan lånes på Bibliotek for realfag. For kjøp/bestilling av avhandlingen, kontakt kandidaten direkte.


Offisiell side