Universitetet i Bergen : Doktorgrader

NY DOKTORGRAD

Utforskning av naturens byggesteiner

Siv Midtun Hollup   
Siv Midtun Hollup disputerer mandag 19. april for PhD-graden ved Universitetet i Bergen med avhandlingen: "Prediction and analysis of protein structure"

Proteiner er viktige byggesteiner i alle organismer, fra virus til planter og dyr. De er involvert i et utall prosesser som oppbygningen av en organisme, omdannelse av næringsstoffer og hvordan signaler sendes gjennom organismen. Et protein består av små molekyler, kalt aminosyrer, som kobles sammen i lange kjeder. Disse folder seg så sammen i en tredimensjonal struktur, og sammenhengen mellom rekkefølgen av aminosyrer og hvilke strukturer som dannes, er temaer som blir undersøkt i avhandlingen. Ved å studere de generelle egenskapene til proteiner, altså det som er felles for alle proteiner, er det mulig å finne ut hvorfor proteiner ser ut og virker som de gjør gitt rekkefølgen av aminosyrene og hvor proteinet befinner seg i en organisme.

I avhandlingen studeres egenskapene til proteinets fold, altså hvordan kjeden interagerer med seg selv når den har foldet seg sammen, fra et teoretisk synspunkt. Funnene indikerer at universet av mulige folder er stort og inneholder svært mange plausible strukturer som proteiner kan inneha.

Dersom man ønsker å designe nye proteiner kan helt nye folder designes, dersom gjenbruk av eksisterende strukturer ikke er mulig. Modeller med nye folder viser seg å ha sammenlignbare dynamiske egenskaper med kjente strukturer. Metoder som sammenligner proteiner basert på strukturene viser seg også å ha problemer med å skille proteiner med ulik fold men ellers like egenskaper.

Personalia:
Siv Midtun Hollup er født i 1981 og er oppvokst i Bergen. Etter utdanning som faglaborant ved Molekylærbiologisk Institutt har hun en cand. mag.-grad i informatikk fra NTNU etterfulgt av en master-grad fra Universitetet i Bergen innenfor fagretningen bioinformatikk. Høsten 2005 begynte hun på doktorgradsstudiet ved Institutt for Informatikk, som også inkluderte et forskningsopphold på National Institute of Medical Research i England.

Tidspunkt og sted for disputasen:
19.04.2010, kl. 12:15, Auditoriet på VilVite-senteret.

Kontaktpersoner:
Siv Midtun Hollup, tlf: 92 40 72 27, epost: sivh@ii.uib.no
Mediekontakt Sigrid Sulland, tlf. 55 58 69 00 (a),
epost: sigrid.sulland@form.uib.no

Avhandlingen kan lånes på Bibliotek for realfag. Avhandlingen er elektronisk tilgjengelig i BORA. For kjøp/bestilling av avhandlingen, kontakt kandidaten direkte.


Offisiell side