Universitetet i Bergen : Doktorgrader

NY DOKTORGRAD

Proteiner tilpasset ekstreme temperaturer

Gisle Sælensminde   

Gisle Sælensminde disputerer torsdag 10. februar for ph.d. -graden med avhandlingen

"Computational analysis of proteins adapted to extreme temperatures".

Det finnes liv i nesten alle miljø på jorden. Noen livsformer lever i kokende vann i varme kilder, kjent som termofile organismer, mens andre lever i isvann. Temaet for avhandlingen har vært å finne hvordan proteiner fra organismer tilpasset ulike temperaturer skiller seg fra hverandre.

Proteiner har en sentral rolle i alle levende organismer, og de utfører de fleste viktige funksjoner i cellene. Proteinene er kjeder av 20 ulike aminosyrer. Avhengig av rekkefølgen på aminosyrene (sekvensen), vil proteinene danne en struktur som er karakteristisk for proteinet, og som er nødvendig for proteinets funksjon.

Til tross for de ekstreme temperaturforskjellene, består alle proteiner av de samme 20 aminosyrene, og proteiner med samme funksjon i ulike organismer har i de fleste tilfeller nesten identisk struktur. Til tross for dette, vil proteiner fra organismer som er tilpasset lave temperaturer bli ødelagt ved høye temperaturer, mens de som er tilpasset høye temperaturer er stabile.

Sælensminde studerte forskjellen i sammensetning av aminosyrer i et stort antall par av proteiner med samme funksjon fra organismer tilpasset ulik temperatur. Spesielt ble forskjellen mellom aminosyrene på overflaten og de som er inne i proteinet studert, og en prøvde å se hvilke fysiske egenskaper som er viktig for tilpassning til høye og lave temperaturer.

Basert på dette arbeidet, kan det se ut som om flere aminosyrer i kjernen av proteinene tilpasset høye temperaturer er av typer med høy grad av vannavstøtning (hydrofobe) enn i proteinene tilpasset lavere temperaturer. På overflaten er det flere langkjedede og ladde aminosyrer, som er omvendt av det en finner i kjernen. Dette kan bety at den hydrofobe effekten er styrket i proteiner fra termofile organismer.

Personalia:
Gisle Sælensminde (født 1973) er vokst opp på Sotra. Han avla cand.scient graden ved institutt for informaikk i 2000. Forskningsarbeidet er utført ved Institutt for informatikk og Bergen Center for Computational science (BCCS), med Inge Jonassen som veileder og Nils-Peder Willassen fra Institutt for kjemi ved universitetet i Tromsø som medveileder.

Tidspunkt og sted for prøveforelesningen:
21.12.2010, kl. 14:15. Oppgitt emne: ”Instrinsically unstructured proteins – definitions, predictions, and biological role”
Sted: Lille Auditorium, Høyteknlogisenteret, Thormøhlensgate 55

Tidspunkt og sted for disputasen:
10.02.2011, kl. 10:15, Store auditorium, Høyteknologisenteret, Thormøhlensgate 55

Kontaktpersoner:
Gisle Sælensminde, e-post: gisle@snirklasjon.no
Inge Jonassen, professor ved Institutt for Informatikk: inge@ii.uib.no
Mediekontakt Gudrun Sylte, tlf. 55 58 91 70 (a),
epost: gudrun.sylte@uib.no

Avhandlingen kan lånes på Bibliotek for realfag. For kjøp/bestilling av avhandlingen, kontakt kandidaten direkte.


Offisiell side