NY DOKTORGRAD
Kroppens eget maskineri for folding av proteiner
 Foto: Julia Romanowska |
“A computational approach for probing conformational dynamics, flexibility and allostery in the GroEL chaperone”.
Det menneskelige genom gir oppskrift for omkring 23.000 ulike typer proteiner. Alle har sin spesifikke rolle i den enorme mengden av biologiske prosesser som til en hver tid foregår i kroppen vår. For at disse proteinene skal fungere, er det avgjørende at de er foldet på riktig måte. Mange proteiner trenger hjelp av store molekylære foldemaskiner for å folde seg riktig, og unngå feilfolding og sammenklumping. Slike foldemaskiner går under navnet molekylære chaperoner.
Skjærven har studert molekylære chaperoner ved hjelp av detaljerte datasimuleringer i ulike trinn av foldingsprosessen. Simuleringene viser hvordan chaperoner endrer sin struktur for å åpne et kammer hvor det feilfoldete proteinet kan komme inn for å pakke seg til den riktige tredimensjonale strukturen.
Strukturendringene i chaperonet skjer først etter at ATP, et energirikt molekyl, binder seg. I simuleringene ble det sett hvordan chaperonet påvirkes av ATP-binding, og hvordan denne hendelsen forplanter seg over store avstander internt i chaperonet. Dette er essensielt for reguleringsmekanismen i slike foldingsmaskiner.
Å forstå slike interaksjoner og prosesser er av stor medisinsk relevans. I det kontinuerlige arbeidet med å utvikle legemidler som effektivt binder, hemmer eller stabiliserer proteiner, er datasimuleringer blitt en integrert del (til sykdommer som f.eks. HIV, Alzheimers, influensa osv). Skjærvens resultater gir viktig innsikt i grunnleggende egenskaper hos proteiner, hvordan de responderer på binding til mindre molekyler og hvordan slike prosesser kan studeres ved hjelp av beregningsvitenskaplige metoder. Prosjektet har vært integrert i Nanobasic-programmet på Universitet i Bergen.
Personalia:
Lars Skjærven (f.1980) er oppvokst i Bergen. Han har mastergrad i informatikk ved UiB fra 2006. I perioden 2007-2011 var han stipendiat ved Institutt for Biomedisin og Bergen Senter for Beregningsvitenskap på Universitetet i Bergen. Han hadde i løpet av perioden også forskningsopphold på University of California San Diego.
Tidspunkt og sted for prøveforelesningen:
14.04.2011, kl. 09:15. Oppgitt emne: “Allostery in the chaperonin GroEL”
Sted: Auditorium 4 ved BB-bygget, Jonas Lies vei 91
Tidspunkt og sted for disputasen:
15.04.2011, kl. 10:30, Auditorium 2 ved BB-bygget, Jonas Lies vei 91.
Kontaktpersoner:
Lars Skjærven
tlf: 55 58 60 43
, epost: lars.skjarven@biomed.uib.no
Mediekontakt Gudrun Sylte, tlf. 55 58 91 70 (a), e-post: gudrun.sylte@uib.no
Avhandlingen kan lånes på Bibliotek for medisinske og odontologiske fag. For kjøp/bestilling av avhandlingen, kontakt kandidaten direkte.