Universitetet i Bergen : Doktorgrader

NY DOKTORGRAD

Bakterier avsløres av DNA-spor

Øyvind Kommedal   

Øyvind Kommedal disputerer torsdag 24.05.12 for ph.d.-graden ved Universitetet i Bergen med
avhandlingen:

“A culture-independent approach for diagnosis of bacterial infections - with special focus on the poly-bacterial specimens”

Hos pasienter med bakterieinfeksjoner er det viktig å finne ut hvilke bakterier som er årsak til infeksjonen for å kunne velge den beste antibiotikabehandlingen. Vanligvis gjøres dette ved å dyrke bakteriene. Ofte er imidlertid bakteriene så svekket av transport eller antibiotikabruk at de ikke vokser, og man må fortsette å behandle infeksjonen i blinde. Dette kan resultere i både suboptimal behandling og mer bruk av bredspektret antibiotika.

Siden begynnelsen av 1990-tallet har man hatt muligheten til å oppkopiere og lese en bit av bakteriens arvestoff (DNA) direkte fra pasientprøver ved hjelp av såkalt DNA sekvensering. Deler av arvestoffet er unikt for hver enkelt bakterieart og vil derfor være en «signatur» som forteller hvilken bakterie som er tilstede. Bakterielt DNA er stabilt og kan analyseres lenge etter at bakteriene er døde.

En av begrensningene med DNA sekvensering har vært at man ikke har kunnet lese disse DNA-signaturene fra prøver med mer enn én bakterie. I slike prøver vil signalene legge seg oppå hverandre og skape en såkalt blandet DNA-sekvens. Kandidaten har sammen med programmerere utviklet et dataprogram som kan analysere blandede DNA-sekvenser og evaluert nytten av dette på pasientprøver. Det nye dataprogrammet økte andelen prøver som det var mulig å analysere fra 57 prosent til 92 prosent. I puss-prøver fra infeksjoner i indre organer (bl.a lunge, hjerne og nyre) ble det påvist i gjennomsnitt to og en halv ganger så mange bakterier per prøve med DNA sekvensering som ved dyrkning. Mange viktige bakterier ble funnet ved sekvensering alene, særlig hos pasienter som hadde fått antibiotika før prøven ble tatt.

I tillegg til bedre diagnostikk til den enkelte pasient har dette arbeidet vist at mange infeksjoner er mer komplekse enn tidligere antatt. Dette gir bedre grunnlag for å forstå hvordan de oppstår og bør behandles. Dataprogrammet er utviklet og kommersialisert gjennom Isentio AS og solgt til en rekke laboratorier i Europa og USA.

Personalia:
Øyvind Kommedal avla medisinsk embetseksamen ved Universitetet i Bergen i 2000. Han jobber ved Haukeland Universitetssjukehus og er spesialist i medisinsk mikrobiologi. Han er også ansatt som medisinsk ansvarlig i Isentio AS. Kandidaten har vært ansatt som stipendiat ved Gades institutt ved Universitetet i Bergen fra 2009 til 2011.

Tidspunkt og sted for prøveforelesningen:
24.05.2012, kl. 10.15. Oppgitt emne: "Identifikasjon av bakterier i et molekylærbiologisk perspektiv".
Sted: Stort auditorium, Haukeland Universitetssykehus, Jonas Lies vei 65

Tidspunkt og sted for disputasen:
24.05.2012, kl. 12.15, Stort auditorium, Haukeland Universitetssykehus, Jonas Lies vei 65

Kontaktpersoner:
Øyvind Kommedal , epost: Oyvind.Kommedal@insentio.no

Mediekontakt ved Kommunikasjonsavdelingen
E-post: mediekontakt[ætt]uib.no
Telefon: 55 58 89 00

 

 

Avhandlingen kan lånes på Bibliotek for medisinske og odontologiske fag. For kjøp/bestilling av avhandlingen, kontakt kandidaten direkte.


Offisiell side