Gå til innhold
English A A A
Ansattprofil

Rein Aasland

instituttleder

Kromatin-basert genregulering og cellulær hukommelse

Molekylærbiologisk institutt

NUCREG: Molekylære mekanismer for genregulering og biomolekylære interaksjoner

ETECvak: Vaksiner mot barnediaré i lav- og mellominntektsland

Hjemmeside: https://www.uib.no/fg/genreg

Stilling: instituttleder

Telefon: 55 58 45 31

Mobiltelefon: 924 25 456 SMS

E-post:

Besøksadresse: HIB - Thormøhlensgt. 55

Epigenetisk genregulering 

De molekylære mekanismene som gir cellene "hukommelse" om hvilke gener som skal være av og på de i ulike celler og vev kalles epigenetisk genregulering. Mekanismen bygger på at de proteiner som pakker DNA i cellekjernen merkes ved at bestemte aminosyrer modifiseres kjemisk på en slik måte at dette reflekterer om genet skal være av eller på. Vi studerer de proteiner som gjenkjenner og gjør bruk av disse kjemiske merkene. Epigenetisk genregulering har stor betydning for at alle cellene i kroppen uttrykker de riktige genene. Feil i disse mekanismene kan resultere i sykdom, som f.eks. kreft. [Mer informasjon på forskningsgruppens sider]

Vi benytter biokjemiske, molekylærgenetiske og bioinformatiske metoder i vår forskning - og bruker gener og proteiner fra ulike organismer som modeller for de prinsippene vi utforsker, - vi benytter bl.a. celler fra menneske og bananfluer.

Bioinformatisk analyse av korte motiver i proteiner

De kjemiske merkene som settes i de proteinene som pakker DNA (histonene) blir gjort av enzymer som gjenkjenner korte motiver i histonene. Slike motiver utgjøres ofte bare av noen få aminosyrer i proteinet. Slike korte motiver har stor betydning, biologisk sett, men det er svært vanskelige å analysere bioinformatisk, først og fremst fordi de er så korte, - så korte at vanlige bioinformatiske metoder ikke gir statistisk signifikante resultater. Vi deltar derfor, sammen med andre forskere rundt om i Europa, i et konsortium som utvikler en ny bioinformatisk ressurs for analyse av slike korte motiver i proteiner (http://elm.eu.org). [Mer informasjon på forskningsgruppens sider]

 

Kort CV:

  • Cand. scient. (UiB, 1983) - Hovedoppgave: "Proteins Associated with the Chromatin of E. coli."
  • Dr. scient. (UiB, 1991) - Avhandling: "Oncogenes and Growth Factors in Thyroid Carcinogenesis"
  • Post-doc (EMBL, Heidelberg, 1992-1995) - Kromatinbasert genregulering
  • 1.amanuensis (Fellslaboratorium for bioteknologi, UiB, 1995-1996)
  • 1.amanuensis (Molekylærbiologisk institutt, UiB, 1997-2001
  • Professor (Molekylærbiologisk institutt, UiB, 2002-)
  • Senior scientist (Computational Biology Unit, BCCS, 2002-)
  • Visiting scientist, NIMR/MRC (May 2010 - Jan 2011)

Kompetanseområder:

  • Molekylærbiologi: genregulering, proteiner, proteinfunksjon.
  • Anvendt bioinformatikk: analyse av proteinsekvens og -struktur
  • Se også våre populærvitenskapelige sider: GENsidene.

 

Utvalgte publikasjoner:

    Hoppmann V, Thorstensen T, Kristiansen PE, Veiseth SV, Rahman MA, Finne K, Aalen RB, Aasland R. (2011) The CW domain, a new histone recognition module in chromatin proteins. EMBO J.  Epub ahead of print, Apr. 26th.
    Xiao B, Sanders MJ, Underwood E, Heath R, Mayer FV, Carmena D, Jing C, Walker PA, Eccleston JF, Haire LF, Saiu P, Howell SA, Aasland R, Martin SR, Carling D, Gamblin SJ. (2011) Structure of mammalian AMPK and its regulation by ADP. Nature 472:230-233.
    Denoeud F, Henriet S, Mungpakdee S, Aury JM, Da Silva C, Brinkmann H, Mikhaleva J, Olsen LC, Jubin C, Cañestro C, Bouquet JM, Danks G, Poulain J, Campsteijn C, Adamski M, Cross I, Yadetie F, Muffato M, Louis A, Butcher S, Tsagkogeorga G, Konrad A, Singh S, Jensen MF, Cong EH, Eikeseth-Otteraa H, Noel B, Anthouard V, Porcel BM, Kachouri-Lafond R, Nishino A, Ugolini M, Chourrout P, Nishida H, Aasland R, Huzurbazar S, Westhof E, Delsuc F, Lehrach H, Reinhardt R, Weissenbach J, Roy SW, Artiguenave F, Postlethwait JH, Manak JR, Thompson EM, Jaillon O, Du Pasquier L, Boudinot P, Liberles DA, Volff JN, Philippe H, Lenhard B, Roest Crollius H, Wincker P, Chourrout D. (2010) Plasticity of animal genome architecture unmasked by rapid evolution of a pelagic tunicate. Science. 330:1381-5.
    Justin N, De Marco V, Aasland R, Gamblin SJ. (2010) Reading, writing and editing methylated lysines on histone tails: new insights from recent structural studies. Curr Opin Struct Biol. 20:730-8.
    Taxt A, Aasland R, Sommerfelt H, Nataro J, Puntervoll P. (2010) Heat-stable enterotoxin of enterotoxigenic Escherichia coli as a vaccine target. Infect Immun. 78:1824-31.
    Gould CM, Diella F, Via A, Puntervoll P, Gemünd C, Chabanis-Davidson S, Michael S, Sayadi A, Bryne JC, Chica C, Seiler M, Davey NE, Haslam N, Weatheritt RJ, Budd A, Hughes T, Pas J, Rychlewski L, Travé G, Aasland R, Helmer-Citterich M, Linding R, Gibson TJ. ELM: the status of the 2010 eukaryotic linear motif resource. Nucleic Acids Res. 2010 Jan;38(Database issue):D167-80
    Buchanan L, Durand-Dubief M, Roguev A, Sakalar C, Wilhelm B, Strålfors A, Shevchenko A, Aasland R, Shevchenko A, Ekwall K, Francis Stewart A. (2009) The Schizosaccharomyces pombe JmjC-protein, Msc1, prevents H2A.Z localization in centromeric and subtelomeric chromatin domains. PLoS Genet. 5:e1000726
    Thorstensen T, Grini PE, Mercy IS, Alm V, Erdal S, Aasland R, Aalen RB. (2008) The Arabidopsis SET-domain protein ASHR3 is involved in stamen development and interacts with the bHLH transcription factor ABORTED MICROSPORES (AMS). Plant Mol Biol. 66:47-59
    Glaser S, Schaft J, Lubitz S, Vintersten K, van der Hoeven F, Tufteland KR, Aasland R., Anastassiadis, K, Ang, SL., Stewart, AF. (2006) Multiple epigenetic maintenance factors implicated by the loss of Mll2 in mouse development. Development.133:1423-1432.
    Slagsvold T, Aasland R, Hirano S, Bache KG, Raiborg C, Trambaiolo D, Wakatsuki S, Stenmark H. (2005) Eap45 in mammalian ESCRT-II binds ubiquitin via a phosphoinositide-interacting GLUE domain. J Biol Chem. 2005 280:19600-6

    Ragvin A, Valvatne H, Erdal S, Årskog V, Tufteland KR, Breen K, Øyan AM, Eberharter A, Gibson TJ, Becker PB, Aasland R. (2004) Nucleosome binding by the bromodomain and PHD finger of the transcriptional cofactor p300. J Mol Biol. 337:773-88.

    Korenjak M, Taylor-Harding B, Binne UK, Satterlee JS, Stevaux O, Aasland R, White-Cooper H, Dyson N, Brehm A. (2004) Native E2F/RBF complexes contain Myb-interacting proteins and repress transcription of developmentally controlled E2F target genes. Cell. 119:181-93

    Puntervoll P, Linding R, Gemund C, Chabanis-Davidson S, Mattingsdal M, Cameron S, Martin DM, Ausiello G, Brannetti B, Costantini A, Ferre F, Maselli V, Via A, Cesareni G, Diella F, Superti-Furga G, Wyrwicz L, Ramu C, McGuigan C, Gudavalli R, Letunic I, Bork P, Rychlewski L, Kuster B, Helmer-Citterich M, Hunter WN, Aasland R, Gibson TJ. (2003) ELM server: A new resource for investigating short functional sites in modular eukaryotic proteins. Nucleic Acids Res. 31:3625-3630.

    Roguev A, Schaft D, Shevchenko A, Aasland R, Shevchenko A, Stewart AF. (2003) High conservation of the Set1/Rad6 axis of histone 3 lysine 4 methylation in budding and fission yeasts. J Biol Chem. 278:8487-8493.

    Conklin D, Jonassen I, Aasland R, Taylor WR. (2002) Association of nucleotide patterns with gene function classes: application to human 3' untranslated sequences. Bioinformatics. 18:182-189.

    Pijnappel, W.W., Schaft D., Roguev, A., Schevchenko, A., Tekotte, H., Wilm, M., Rigaut, G., Seraphin B., Aasland, R., Stewart, A.F. (2001) The S. cerevisiae SET3 complex includes two histone deacetylases, Hos2 and Hst1, and is a meiotic-specific repressor of the sporulation gene program. Genes Dev. 15, 2991-3004

    Roguev, A., Schaft, D., Schevchenko, A., Pijnappel, W.W., Wilm, M., Aasland, R., and Stewart, A.F. (2001) The Saccharomyces cerevisiae Set1 complex includes and Ash2 homologue and methylates histone 3 lysine 4. EMBO J. 20, 137-148
    Gaullier JM, Simonsen A, D'Arrigo A, Bremnes B, Stenmark H, Aasland R. (1998) FYVE fingers bind PtdIns(3)P. Nature 394:432-3

    Gibson, T.J., Ramu, C. Christine Gemund, C., and Aasland, R. (1998). The APECED polyglandular autoimmune syndrome protein, AIRE-1, contains the SAND domain and is probably a transcription factor. Trends Biochem. Sci. 23(7):242-244

    Aasland, R., Stewart, A. F., and Gibson, T. J. (1996). The SANT domain:A putative DNA binding domain in the SWI-SNF and ADA complexes, the transcriptional co-repressor N-CoR and TFIIIB. Trends Biochem. Sci. 21, 87-88.

    Aasland, R., and Stewart, A. F. (1995). The chromo shadow domain, a second chromo domain in heterochromatin-binding protein 1, HP1. Nucl. Acids. Res. 23, 3168-3173.

    Aasland, R., Gibson, T. J., and Stewart, A. F. (1995). The PHD-finger: implications for chromatin-mediated transcriptional regulation. Trends Biochem. Sci. 20, 56-59.

     


     

 

Vår forskning er knyttet til to tangerende forskningsfelt: (1) Proteiner involvert i epigenetisk genregulering og (2) Bioinformatisk ressurs for korte, lineære og funksjonelle motiver i proteiner. Tangeringen ligger i at begge forskningsfeltene omhandler lineære motiver i proteiner. De to aktivitetene har for tiden ekstern finansiering i fem separate delprosjekter [Les mer]:

  • "The role of histone acetylation in enhancer function" Kreftforeningen, siden 2011. 
  • "Nucleosome 4D" - EU//Marie Curie ITN coordinated by Andreas Ladurner (München)
  • "Epigenetic gene regulation: The 'conspiracy' between chromatin modification and transcription factors". Norges Forskningsråd (FUGE), 2007-2011 - samarbeid med prof. Reidunn B. Aalen, Universitetet i Oslo (post-doc Verena Hoppmann)