Hjem
Utdanning
Laveregradsemne

Grunnleggande bioinformatikk

  • Studiepoeng10
  • UndervisingssemesterVår
  • EmnekodeBINF100
  • Talet på semester1
  • SpråkNorsk
  • Ressursar

Studiepoeng, omfang

10

Studienivå (studiesyklus)

Bachelor

Fulltid/deltid

Fulltid

Undervisningssemester

Vår. Undervist fyrste gong vår 2020.

Mål og innhald

Undervist for fyrste gong våren 2020

Emnet gir en innføring til fagfeltet bioinformatikk inkludert sentrale konsept og algoritmer, utviklingen av feltet historisk, anvendelser og relevante etiske betraktninger. Emnet inkluderer grunnleggende metoder for analyse av biologiske sekvenser og relaterte verktøy og databaser. Tema som dekkes er global og lokal parvis sammenstilling, skåringsmatriser, sekvens-søk i databaser, p- og e-verdier og mål for ytelsesmål for klassifikasjoner. I emnet går vi også gjennom relevante tema innen molekylærbiologi og spesielt konsept som genom og gener. Emnet gir også en innføring i "genome-browsere" og sentrale biologiske data- og kunnskapsbaser.

Læringsutbyte

Studenten skal ved avslutta emne ha følgjande læringsutbyte definert i kunnskapar, ferdigheiter og generell kompetanse:

Kunnskapar

Studenten skal:

  • Ha ein generell forståing av sentrale tema og konsept innan bioinformatikk
  • Forstå algoritmar for samanstilling av biologiske sekvensar ved bruk av dynamisk programmering
  • Forstå og vere i strand til å forklara grunnleggande molekylærbiologi og evolusjon relevant for sekvens-samanstilling og relatera dei med dei respektive algoritmane
  • Vere i stand til å samanlikne tekniske aspekt ved algoritmar for parvis lokal og global samanstilling
  • Ha ein grunnleggande forståing av genom og korleis ein "genome browser" kan brukas for å representere og utforske genom-nivå data
  • Kjenne prinsippa og eksemplar på biologiske databaser og kunnskapsbaser
  • Kjenne algoritmane som ligger bak sekvenssøk, spesielt BLAST
  • Vere i stand til å programmere grunnleggande algoritmar innan bioinformatikk og til å bruka slike algoritmar til å analysere konkrete data
  • Vere i stand til å bruke og forstå ulike mål for klassifikasjonsytelse i samanheng med biologisk sekvens-analyse
  • Ha ein grunnleggande forståing for ulike anvendelsesområder for bioinformatikk og være klar over relaterte etiske aspekt

Ferdigheiter

Studenten kan

  • Bruke utvalt bioinformatiske databaser, "genome browsere" og verktøy på en kunnskapsbasert måte
  • Sette opp script for å utføre enkle analyse "pipelines"

Generell kompetanse

Studenten beherskar

  • Kompetansen for å arbeide i tverrfaglige grupper for å adressere biologiske spørsmål med bruk av datamaskin

Krav til forkunnskapar

Ingen

Tilrådde forkunnskapar

INF100. Vere i stand til å implementere enkle algoritmar i et selvvalgt programmeringsspråk. En grunnleggande forståing for kva en algoritme er og algoritmars effektivitet. Det anbefalast å ha noko kunnskap i molekylærbiologi og statistikk.

Studiepoengsreduksjon

INF281: 5 studiepoeng

Krav til studierett

For oppstart på emnet er det krav om ein studierett knytt til Det matematisk-naturvitskaplege fakultet http://www.uib.no/matnat/52646/opptak-ved-mn-fakultetet

Arbeids- og undervisningsformer

Emnet gis som førelesningar og studentøvingar

Førelesningar, 2 timar per uke

Studentøvingar, 4 timer per uke

Obligatorisk undervisningsaktivitet

Godkjent obligatorisk aktivitet er gyldig i eit påfølgande semester etter godkjenninga.

Vurderingsformer

I emnet nyttar ein følgjande vurderingsformer:

  • Obligatorisk aktivitetar , utgjer 30 % av karakteren.
  • Skriftleg eksamen (3 timar), utgjer 70% av karakteren.

Dei obligatoriske arbeidskrava må vere godkjende før ein kan gå opp til eksamen.

Hjelpemiddel til eksamen

Enkel kalkulator tillatt, i samsvar med modeller angitt i fakultetets regler

Karakterskala

Karakterskalaen A-F blir nytta.

Vurderingssemester

Det er ordinær eksamen kvart semester. I semesteret utan undervisning er eksamen tidleg i semesteret.

Litteraturliste

Litteraturlista vil vere klar innan 01.06. for haustsemesteret og 01.12. for vårsemesteret.

Emneevaluering

Studentane skal evaluere undervisninga i tråd med UiB og instituttet sitt kvalitetssikringssystem.

Programansvarleg

Programstyret har ansvar for fagleg innhald og oppbygging av studiet og for kvaliteten på studieprogrammet og alle emna der.

Emneansvarleg

Emneansvarleg og administrativ kontaktperson finn du på Mitt UiB, kontakt eventuelt studierettleiar

Administrativt ansvarleg

Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet v/ Institutt for informatikk har det administrative ansvaret for emnet og studieprogrammet.

Kontakt

Kontaktinformasjon

Studierettleiar kan kontaktast her:

studierettleiar

Tlf 55 58 42 00