Hjem
Utdanning
Laveregradsemne

Analyse av biologiske sekvensar og strukturar

  • Studiepoeng10
  • UndervisingssemesterHaust
  • EmnekodeBINF200
  • Talet på semester1
  • SpråkEngelsk. Emnet kan undervisast på norsk dersom berre norskspråklege studentar meldar seg til emnet.
  • Ressursar

Studiepoeng, omfang

10

Studienivå (studiesyklus)

Bachelor

Fulltid/deltid

Fulltid

Undervisningssemester

Haust. Emnet går fyrste gong haust 2019.

Mål og innhald

Emnet gjev ein innføring i metodar for å analysere biologiske sekvensar, utover parvis samanstilling, og for prediksjon og analyse av RNA- og protein-struktur. Sekvens-baserte metodar inkluderer multippel sekvens-samanstilling, estimering av fylogenetiske trær, oppdaging og deteksjon av sekvens-motiv, bruk av skjulte Markov-modeller i sekvens-analyse og gen-prediksjon. Struktur-baserte metodar inkluderer prediksjon av sekundær-struktur i RNA og i proteiner og samanstilling av RNA- og protein-strukturer. Emnet fokuserer på algoritmar og metodar, men innehelder også praktiske anvendelser og relevante verktøy og databaser.

Læringsutbyte

Studenten skal ved avslutta emne ha følgjande læringsutbyte definert i kunnskapar, ferdigheiter og generell kompetanse:

Kunnskapar

Studenten skal

  • Forstå og være i stand til å implementere algoritmar for å sammenstille eit sett med biologiske sekvensar
  • Forstå og være i stand til å forklare metodar for estimering av fylogenetiske trær
  • Forstå og være i stand til å implementere metodar for oppdaging og deteksjon av motiver i biologiske sekvensar
  • Forstå og være i stand til å bruke skjulte Markov-modeller for å analysere biologiske sekvensar
  • Forstå hoved-tilnærmingene til gen-prediksjon og vere i stand til å implementere og bruke et utval av konkrete algoritmar for det same
  • Forstå representasjonar og format for skildring av RNA- og protein-strukturar
  • Forstå hoved-tilnærmingene til prediksjon av sekundær-strukturer i RNA og protein og være i stand til å implementere og bruke utvalt algoritmar for det same

Ferdigheiter

Studenten kan

  • Velja og bruka passande verktøy på reelle biologiske data og tolke resulterande ut-data
  • Implementere og tilpasse algoritmar for å analysere sekvensar og for å predikere og samanlikne strukturer

Generell kompetanse

Studenten kan

  • Arbeid i tverrfaglege gruppa for å adressera biologiske spørsmål ved bruk av datamaskin

Krav til forkunnskapar

INF100

Tilrådde forkunnskapar

BINF100 eller tilsvarande bakgrunn i bioinformatikk og molekylærbiologi. Vere i stand til å implementere enkle algoritmar i eit programmeringsspråk ein veljar sjølv. Ein grunnleggande forståing av algoritmar og effektiviteten deira er naudsynt. Eit emne i grunnleggande statistikk er sterkt anbefalt.

Studiepoengsreduksjon

INF281: 5 studiepoeng

Krav til studierett

For oppstart på emnet er det krav om ein studierett knytt til Det matematisk-naturvitskaplege fakultet http://www.uib.no/matnat/52646/opptak-ved-mn-fakultetet

Arbeids- og undervisningsformer

Undervisninga gis i form av førelesningar og studentøvingar

Førelesningar, 4 timar per uke

Studentøvingar, 2 timar per uke

Obligatorisk undervisningsaktivitet

Godkjent obligatorisk aktivitet er gyldig i 1 påfølgande semester etter godkjenninga

Vurderingsformer

I emnet nyttar ein følgjande vurderingsformer:

  • studentøvingar, utgjer 30 % av karakteren.
  • Skriftleg eksamen (3 timar), utgjer 70% av karakteren.

Dei obligatoriske arbeidskrava må vere godkjende før ein kan gå opp til eksamen.

Hjelpemiddel til eksamen

Enkel kalkulator tillatt, i samsvar med modeller angitt i fakultetets regler

Karakterskala

Karakterskalaen A-F blir nytta.

Vurderingssemester

Det er ordinær eksamen kvart semester. I semesteret utan undervisning er eksamen tidleg i semesteret.

Litteraturliste

Litteraturlista vil vere klar innan 01.06. for haustsemesteret og 01.12. for vårsemesteret.

Emneevaluering

Studentane skal evaluere undervisninga i tråd med UiB og instituttet sitt kvalitetssikringssystem.

Programansvarleg

Programstyret har ansvar for fagleg innhald og oppbygging av studiet og for kvaliteten på studieprogrammet og alle emna der.

Emneansvarleg

Emneansvarleg og administrativ kontaktperson finn du på Mitt UiB, kontakt eventuelt studierettleiar

Administrativt ansvarleg

Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet v/ Institutt for informatikk har det administrative ansvaret for emnet og studieprogrammet.

Kontakt

Kontaktinformasjon

Studierettleiar kan kontaktast her:

studierettleiar

Tlf 55 58 42 00

Eksamensinformasjon

  • Klokkeslett for oppstart av skoleeksamen kan endre seg fra kl 09.00 til 15.00 eller vice versa inntil 14 dager før eksamen. Eksamenslokale publiseres 14 dager før eksamen. Kandidatene finner sin egen romplassering på Studentweb 3 dager før eksamen.

  • Vurderingsordning: Skriftleg skuleeksamen

    Dato
    05.12.2019, 09:00
    Varigheit
    3 timer
    Trekkfrist
    21.11.2019
    Eksamenssystem
    Inspera
    Digital eksamen