Innføring i omics

Studiepoeng, omfang

10

Studienivå (studiesyklus)

Bachelor

Fulltid/deltid

Fulltid

Undervisningssemester

Haust. Undervist fyrste gong haust 2019.

Mål og innhald

Emnet gjev ein innføring i bioinformatikk for prosessering og analyse av data produsert ved hjelp av høy-kapasitets omics teknologiar inkludert sekvensering og masse-spektrometri basert proteomikk. Emnet inkluderer en innføring i relevante teknologier for data-generering, data-typane som blir produsert og steg for å prosessere og forberede data for analyse. Vidare inkluderer emnet metodar for å plassere avleste sekvensar på et referanse-assembly, for "de novo" assembly av genomer og transkriptomer, for analyse av alternativ spleising, genomiske varianter og for estimering av ekspresjonsnivå. I tillegg dekker emnet tilnærmingar til deteksjon av differensielt uttrykk på enkeltgen/protein-nivå samt på nettverk/system-nivå for eksempel ved bruk av over-representasjonsanalyse.

Læringsutbyte

Studenten skal ved avslutta emne ha følgjande læringsutbyte definert i kunnskapar, ferdigheiter og generell kompetanse:

Kunnskapar

Studenten skal

• Ha en generell forståing for nøkkel-teknologiar som brukas for å generere omics-data
• Forstå og være i stand til å implementere metodar for kvalitetskontroll, filtering og normalisering av sekvenserings- og proteomikk-data
• Forstå og være i stand til å forklare metodar for "mapping" av sekvensar og for "de novo" assembly av genomer og transkriptomer
• Forstår og være i stand til å forklare metodar for protein-identifikasjon og analyse av post-translasjonelle modifikasjonar
• Forstå og være i stand til å implementere og bruke metodar for deteksjon og annotering av genomiske variantar
• Forstå og være i stand til å implementere metodar for analyse av differensielt uttrykk og over-representasjonsanalyse

Ferdigheiter

Studenten kan

• Anvende ledande verktøy for å analysere reelle data fra sekvensering og proteomikk
• Ta del i å utforme et omikk-basert eksperiment for å adressere et biologisk spørsmål - og ta en ledande rolle i analyse av resulterande data

Generell kompetanse

Studenten kan

• Delta i tverrfaglege grupper for å utføre og analysere omikk-eksperiment for å adressere et bestemt biologisk spørsmål

Krav til forkunnskapar

Ingen

Tilrådde forkunnskapar

INF100

BINF100 eller tilsvarande bakgrunn i bioinformatikk og molekylærbiologi. Vere i stand til å implementere enkle algoritmar i eit programmeringsspråk ein veljar sjølv. INF100 og INF102 anbefalast. Ein grunnleggande forståing for algoritmar og effektiviteten deira samt statistikk er naudsynt.

Studiepoengsreduksjon

INF285: 5 STP

Krav til studierett

For oppstart på emnet er det krav om ein studierett knytt til Det matematisk-naturvitskaplege fakultet http://www.uib.no/matnat/52646/opptak-ved-mn-fakultetet

Arbeids- og undervisningsformer

Undervisninga gis i form av førelesningar og studentøvingar

Førelesningar, 4 timar per uke

Studentøvingar, 2 timar per uke

Obligatorisk undervisningsaktivitet

Godkjent obligatorisk aktivitet er gyldig i 1 påfølgande semester etter godkjenninga.

Vurderingsformer

I emnet nyttar ein følgjande vurderingsformer:

• studentøvingar, utgjer 50% av karakteren.
• Skriftleg eksamen (3 timar), utgjer 50% av karakteren.

Dei obligatoriske arbeidskrava må vere godkjende før ein kan gå opp til eksamen.

Hjelpemiddel til eksamen

Enkel kalkulator tillatt, i samsvar med modeller angitt i fakultetets regler

Karakterskala

Karakterskalaen A-F blir nytta.

Vurderingssemester

Det er ordinær eksamen kvart semester. I semesteret utan undervisning er eksamen tidleg i semesteret.

Litteraturliste

Litteraturlista vil vere klar innan 01.06. for haustsemesteret og 01.12. for vårsemesteret.

Emneevaluering

Studentane skal evaluere undervisninga i tråd med UiB og instituttet sitt kvalitetssikringssystem.

Programansvarleg

Programstyret har ansvar for fagleg innhald og oppbygging av studiet og for kvaliteten på studieprogrammet og alle emna der.

Emneansvarleg

Emneansvarleg og administrativ kontaktperson finn du på Mitt UiB, kontakt eventuelt studieveileder@ii.uib.no

Administrativt ansvarleg

Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet v/ Institutt for informatikk har det administrative ansvaret for emnet og studieprogrammet.