Hjem
Utdanning
Laveregradsemne

Genom-skala algoritmar

  • Studiepoeng10
  • UndervisingssemesterVår
  • EmnekodeBINF301
  • Talet på semester1
  • SpråkEngelsk. Emnet kan undervisast på norsk dersom berre norskspråklege studentar meldar seg til emnet.
  • Ressursar

Studiepoeng, omfang

10

Studienivå (studiesyklus)

Master

Fulltid/deltid

Fulltid

Undervisningssemester

Vår. Undervist fyrste gong vår 2020.

Mål og innhald

Undervist for fyrste gong våren 2020

Emnet dekker avanserte algoritmar brukt for analysere biologiske sekvensar med fokus på spesialiserte algoritmar for å analysere data produsert av høy-kapasitets teknologiar. Emnet inkluderer bruk av indekserings-baserte metodar og relaterte data-strukturer som de-Bruijn-grafer, Burrows-Wheeler transformasjon og relaterte algoritmar. Emnet inkluderer også bruk av slike metodar i "de-novo assembly", analyser av DNA re-sekvenseringsdata og en rekke andre anvendelser inkludert ChIP-seq, ATAC-seq og bisulfitt-sekvensering. Emnet inkluderer også metodar for analyse av data frå tredje-generasjons sekvenseringsteknologi som gir lange avlesingar og teknologi for sekvensering av molekyler frå enkelt-celler.

Læringsutbyte

Kunnskapar, ferdigheter og generell kompetanse

Studenten

  • Forstår og er i stand til å implementere algoritmar for analyse av høy-kapasitets sekvenseringsdata inkludert "de novo assembly", de-Bruij-gafer, Burrows-Wheeler samanstilling
  • Forstår og er i stand til å utforme og velge tilnærming for å analysere data frå fleire anvendelser av sekvensering slik som ChIP-seq, ATAC-seq.
  • Ha en generell forståing for tredje-generasjons teknologiar for sekvensering og for dataene disse produserer

Krav til forkunnskapar

INF100

Tilrådde forkunnskapar

Vere i stand til å implementere enkle algoritmar i eit programmeringsspråk ein veljar sjølv. Ein grunnleggande forståing for algoritmar og effektiviteten deira samt statistikk er naudsynt.

God bakgrunn innan algoritmar er anbefalt, tilsvarande minst INF102. I tillegg er ein god bakgrunn innan bioinformatikk anbefalt, tilsvarande BINF100, BINF200, BINF201.

Krav til studierett

For oppstart på emnet er det krav om at du har ein studierett knytt til eit masterprogram/ ved Det matematisk-naturvitskaplege fakultet eller ph.d.-utdanninga. http://www.uib.no/matnat/52646/opptak-ved-mn-fakultetet

Arbeids- og undervisningsformer

Undervisninga gis i form av førelesningar og studentøvingar

Førelesningar, 4 timar per uke

Studentøvingar, 2 timar per uke

Obligatorisk undervisningsaktivitet

Godkjent obligatorisk aktivitet er gyldig i 1 påfølgande semester etter godkjenninga.

Vurderingsformer

I emnet nyttar ein følgjande vurderingsformer:

  • Studentøvingar, utgjer 50 % av karakteren.
  • Skriftleg eksamen (3 timar), utgjer 50% av karakteren.

Dei obligatoriske arbeidskrava må vere godkjende før ein kan gå opp til eksamen.

Hjelpemiddel til eksamen

Enkel kalkulator tillatt, i samsvar med modeller angitt i fakultetets regler

Karakterskala

Karakterskalaen A-F blir nytta.

Vurderingssemester

Det er ordinær eksamen kvart semester. I semesteret utan undervisning er eksamen tidleg i semesteret.

Litteraturliste

Litteraturlista vil vere klar innan 01.06. for haustsemesteret og 01.12. for vårsemesteret.

Emneevaluering

Studentane skal evaluere undervisninga i tråd med UiB og instituttet sitt kvalitetssikringssystem.

Programansvarleg

Programstyret har ansvar for fagleg innhald og oppbygging av studiet og for kvaliteten på studieprogrammet og alle emna der.

Emneansvarleg

Emneansvarleg og administrativ kontaktperson finn du på Mitt UiB, kontakt eventuelt studierettleiar

Administrativt ansvarleg

Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet v/ Institutt for informatikk har det administrative ansvaret for emnet og studieprogrammet.

Kontakt

Kontaktinformasjon

Studierettleiar kan kontaktast her:

studierettleiar

Tlf 55 58 42 00