Hjem
Studentsider
Laveregradsemne

Anvendt bioinformatikk

Hovedinnhold

Studiepoeng, omfang

10 studiepoeng

Studienivå (studiesyklus)

Bachelor

Undervisningssemester

Haust. Emnet har eit avgrensa tall på plassar og inngår i undervisningsopptaket.

Meir informasjon: http://www.uib.no/matnat/utdanning/studiehverdag/undervisningsopptaket

Frist for å melda seg til undervising i emnet er torsdag veke 33 for haustsemesteret. Du får svar på Studentweb seinast tysdag veka etter om du har fått plass på emnet.

Første forelesning/orienteringsmøtet er obligatorisk,du mistar undervisingsplassen i emnet om du ikkje stiller denne dagen.

Tidspunkt for første forelesning/orienteringsmøtet finn du på timeplanen på nettsida til emnet eller på Mitt UiB.

Undervisningsstad

Bergen

Mål og innhald

Emnet gir en innføring i bruk av bioinformatikkverktøy, inkludert analyse av proteinsekvenser, søk i databaser, parvise og mutiple sekvens alignments, fylogenetiske trær, visualisering og analyse av proteinstrukturer. Det teoretiske grunnlaget for utvalgte metoder, for eksempel dynamisk programmering, studeres i detalj. Emnet består av forelesninger, øvelser og PC-lab.

Læringsutbyte

Studenten skal ved avslutta emne ha følgjande læringsutbyte definert i kunnskapar, ferdigheiter og generell kompetanse:

Kunnskapar

Studenten

  • Kan forklare kva type av data som er tilgjengeleg frå dei mest vanlege proteinsekvens- og strukturdatabasane (UniProt, GenBank, Protein Data Bank, CATH).
  • Kan forklare teorien som ligg bak dei mest vanlege metodane for sekvenssøk og sekvenssamanstilling, og særskilt kjenner prinsippet og hovudtrinna for parvis og multippel sekvenssamanstilling.
  • Kan forklare og er i stand til å anvende hovudtrinna i dynamisk programmering for enkle samanstillingar av korte sekvensar.
  • Kan liste metodar for å vise struktur-funksjon samanheng i protein og kjenner dei underliggjande prinsippa.
  • Kan forklare de viktigste fordeler og begrensinger ved berekningsmetodar som nyttast til å føreseia sekundærstrukturelement og 3D strukturar frå proteinsekvensar.

Ferdigheiter

Studenten er i stand til;

  • å velje ut og nytte dei mest tenlege bioinformatiske sekvens- eller strukturdatabasane for å trekkje ut eller søkje data gitt eit spesifikt spørsmål i molekylærbiologi
  • velje ut og nytte dei mest tenlege metodane for samanstilling av sekvensar, visualisering og analyse av proteinstrukturar, prediskjon av proteinstrukturar frå sekvensar

Generell kompetanse

Studenten

  • kan reflektere med bruk av kunnskap og ferdigheiter i bioinformatikk om eit gitt problem i molekylærbiologi kan tene på ein bioinformatisk tilnærming, og kva for metodar som i så fall vil vere tenlege
  • kan i møte med ein ny nettbasert reiskap, få ei generell forståing av dei underliggjande prinsippa ved å bruke teoretisk kunnskap om dei mest nytta bioinformatiske metodane

Krav til forkunnskapar

MOL100 eller tilsvarande

Tilrådde forkunnskapar

MOL200 eller tilsvarande.

Studiepoengsreduksjon

KB207: 10 Sp, MOL204: 5 Sp

Krav til studierett

For oppstart på emnet er det krav om ein studierett knytt til Det matematisk-naturvitskaplege fakultet, samt at du oppfyller ev opptakskrav

Arbeids- og undervisningsformer

.

Obligatorisk undervisningsaktivitet

Førelesningar, øvingar og godkjende oppgåver.

Gjennomførte aktivitetar er gyldig i seks semester (undervisningssemesteret og dei fem påfølgande semestra). All obligatorisk aktivitet må vere godkjend før ein kan ta eksamen.

Vurderingsformer

Skriftleg eksamen, 4 timar. Eventuelt munnleg eksamen avhengig av talet på studentar.

Tillatne hjelpemiddel: Enkel kalkulator i samsvar med modell oppført i fakultetets reglar

Hjelpemiddel til eksamen

Ingen

Karakterskala

Ved sensur av emnet vert karakterskalaen A-F nytta.

Vurderingssemester

Det er ordinær eksamen kvart semester

Litteraturliste

Litteraturlista vil vere klar innan 01.06. for haustsemesteret og 01.12. for vårsemesteret.

Emneevaluering

Studentane skal evaluere undervisninga i tråd med UiB og instituttet sitt kvalitetssikringssystem.

Programansvarleg

Programstyret har ansvar for fagleg innhald og oppbygging av studiet og for kvaliteten på studeprogrammet og alle emna der.

Administrativt ansvarleg

Det matematisk-naturvitskaplege fakultet ved institutt for biovitskap har det administrative ansvaret for emnet og studieprogrammet.

Kontakt

Studierettleiar ved Institutt for Biovitenskap, studie@bio.uib.no

Eksamensinformasjon

  • Klokkeslett for oppstart av skriftlig eksamen kan endre seg fra kl 09.00 til 15.00 eller vice versa inntil 14 dager før eksamen.

  • Vurderingsordning: Skriftleg skuleeksamen

    Dato
    08.12.2021, 09:00
    Varigheit
    4 timer
    Trekkfrist
    24.11.2021
    Eksamenssystem
    Inspera
    Digital eksamen