Anvendt Bioinformatikk II

Studiepoeng, omfang

10 sp

Studienivå (studiesyklus)

10 sp

Fulltid/deltid

10 sp

Undervisningssemester

Vår.

Emnet har eit avgrensa tal på plassar og inngår i undervisningsopptaket ved MN-fakultetet. Fristen for å melde seg til undervisning i emnet er onsdag i veke 2. Du får svar på om du har fått plass på emnet på Studentweb seinast måndag i veka etter fristen.

Det er obligatorisk oppmøte på første forelesing/orienteringsmøtet, og du kan risikere å miste plassen om du ikkje møter. Dersom du ikkje kan møte på første forelesing/orienteringsmøtet må du kontakte studieseksjonen på e-post: studie.bio@uib.no. Tidspunkt for første forelesing/orienteringsmøtet finn du i timeplanen under «Ressursar» øvst til høgre eller på Mitt UiB.

Undervisningsstad

Bergen

Mål og innhald

Kurset gir studentene en grundig opplæring i bruk av utvalgte bioinformatiske verktøy for funksjonell merknad av gener. Kurset inkluderer prosjekter der studentene jobber sammen. Disse øvelsene er basert på bioinformatikkforskning ved instituttet. Som en del av arbeidet med prosjektet blir studentene opplært til å evaluere metoder og resultater kritisk. Prosjektets tema kan variere hvert år, men er for øyeblikket basert på RNA-seq. Kurset kan inngå i masterstudiet i molekylærbiologi så lenge det ikke overlapper med innholdet i masteroppgaven. Det er veileder for masteroppgaven og kurskoordinator som er ansvarlig for MOL217 som sammen vil avgjøre om det er en overlapping.

Læringsutbyte

Kurset tar sikte på å gi grundig kunnskap om utvalgte bioinformatiske verktøy gjennom casestudier basert på eksperimentelle data og evaluering av verktøyets ytelse.

Etter fullført kurs MOL217, skal studentene kunne:

- forklare og diskutere valget av bioinformatikkmetoder som kan brukes til å utforske et gitt problem relatert til den funksjonelle konsekvensen av genuttrykksdata, og bruke disse metodene til å utføre en prosjektoppgave basert på selvstendig arbeid og arbeid i grupper.

- analysere og diskutere resultater fra en større bioinformatikk prosjektoppgave i lys av egne data og data fra vitenskapelige artikler.

- presentere resultater og analyser fra en bioinformatikk prosjektoppgave som en prosjektrapport.

Krav til forkunnskapar

Studentene skal kjenne til grunnleggende prinsipper for molekylærbiologi (MOL100 + MOL200 eller tilsvarende) og må ha bestått et introduksjonskurs i anvendt bioinformatikk (MOL204 eller tilsvarende).

Tilrådde forkunnskapar

MOL201 and MOL103 (MOL203)

Studiepoengsreduksjon

Ingen

Krav til studierett

For opptak til emnet er det krav om ein studierett knytt til Det matematisk-naturvitskaplege fakultet og at du oppfyller forkunnskapskrava.

Arbeids- og undervisningsformer

Prosjektøvelser og gruppearbeid. 

Obligatorisk undervisningsaktivitet

Prosjektøvelser og gruppearbeid. Fullførte aktiviteter er gyldige i 3 semestre. Det første forelesnings- / orienteringsmøtet er obligatorisk.

Vurderingsformer

Mappevurdering. Skriftlig semesteroppgave bestående av individuelt arbeid (70% av totalkarakteren) og rapport fra gruppearbeid (30% av total karakter). Obligatorisk aktivitet må være gjennomført for å ta eksamen.

Hjelpemiddel til eksamen

Ingen.

Karakterskala

Ved sensur av emnet vert karakterskalaen A-F nytta.

Vurderingssemester

Det er kun ordinær eksamen i vårsemesteret. I semester uten undervisning vil det ikke være mulig å avlegge eksamen.

Litteraturliste

Litteraturlista vil være klar 1. juni for haustsemesteret og 1. januar for vårsemesteret.

Emneevaluering

Studentane skal evaluere undervisninga i tråd med UiB og instituttet sitt kvalitetssikringssystem.

Programansvarleg

Institutt for Biovitenskap

Administrativt ansvarleg

Det matematisk-naturvitskaplege fakultet ved Institutt for biovitskap har det administrative ansvaret for emnet.