Hjem
Studentsider
Masteremne

Strukturell Molekylærbiologi

Hovedinnhold

Studiepoeng, omfang

10 studiepoeng

Studienivå (studiesyklus)

Master

Undervisningssemester

Vår.

Emnet har eit avgrensa tall på plassar og inngår i undervisningsopptaket.

Meir informasjon: http://www.uib.no/matnat/utdanning/studiehverdag/undervisningsopptaket

Frist for å melda seg til undervising i emnet er torsdag i veke 2 for vårsemesteret. Du får svar på Studentweb seinast tysdag veka etter om du har fått plass på emnet.

Første forelesning/orienteringsmøtet er obligatorisk, du mistar undervisingsplassen i emnet om du ikkje stiller denne dagen.

Tidspunkt for første forelesning/orienteringsmøtet finn du på timeplanen på nettsida til emnet eller på Mitt UiB.

Undervisningsstad

Bergen

Mål og innhald

Mål:

Kurset tar sikte på å gi studentane kunnskap om forholdet mellom biomakromolekylers struktur og deira funksjon. Studentane skal lære korleis ein løyser strukturer, korleis ein analysere disse, og korleis ein forstår deira biologiske- og biomolekylære eigenskapar. Det vil bli lagt vekt på korleis fleire biomakromolekyler dannar større kompleks, og korleis desse gjer opphav til eigenskapar som er viktige for celler og organismar.

Innhald:

Kursets primære biomolekylære fokus er protein. Andre biomolekyler og kompleks av biomolekyl vil generelt berre bli diskutert i forbindelse med deira forhold til protein. Tema som vil bli dekket inkluderer korleis aminosyrer blir organisert i primær-, sekundær-, tertiær- og høgareordensstruktur og kompleks, og korleis funksjonelle proteineigenskapar deretter dukkar opp som følgje av dette. Kurset vil tilby introduksjonar i relevant metodikk, spesielt korleis proteinstruktur bestemmast eksperimentelt og ved berekningsteknikkar. Kurset vil bygge på konsept som allereie er introdusert tidlegare, inkludert proteinfolding, allosteri, katalyse og enzymologi, ligand- og effektorbinding, posttranslasjonelle modifikasjonar og molekylær signalisering. Eit viktig aspekt av kurset vil være korleis alle disse fenomena regulerer proteinfunksjon. Kurset vil også diskutere det strukturelle og biokjemiske grunnlaget for molekylær signalisering, samt enzymfunksjon. Proteinevolusjon frå eit sekvens- og strukturperspektiv vil bli dekket.

Læringsutbyte

Etter avlagt kurs skal studenten ha følgande læringsutbytte definert i form av kunnskap, ferdigheiter og generell kompetanse:

Kunnskap

Studenten kan forklare i detalj om

  • krefter og effektar som fører til at proteinstruktur dannast, og de forskjellige nivåa av proteinstruktur, frå aminosyrenivået til større, kvartære kompleks
  • korleis et protein bruker sin strukturelle organisasjon for å oppnå eigenskapar som ikkje førekomer i individuelle komponentar av proteinet
  • proteinklassifisering etter struktur og funksjon
  • korleis disse eigenskapane understøtter funksjonen på molekylært nivå i en levende organisme
  • korleis disse proteinfunksjonane styres av modifikasjon, lokalisering og effektorinteraksjonar
  • Cryo-EM, NMR, røntgendiffraksjon og berekningsteknikkar for å bestemme strukturen.
  • Andre relevante metodar for å studere proteinfold, stabilitet og funksjon
  • korleis evolusjon verker på proteins primærsekvens- og struktur

Ferdigheiter

Studenten er i stand til å

  • analysere struktur-funksjonsforhold når dei blir presentert med biologisk og strukturell informasjon
  • forklare (munnleg og skriftleg) korleis emne skissert ovanfor verker samen i celleprosesser, her under signaltransduksjon, endo/eksocytose, cellemotilitet og genregulering
  • velgje riktig metodikk for å svare på enkle (og kanskje også vanskelege) spørsmål relevant for eit gitt problem innan strukturbiologi
  • orientere seg i den romlege og tidsmessige skalaen som er forbundet med makromolekylær funksjon (altså grovt sett Ångstrøm til nanometer, picosekund-til-millisekund)
  • løyse teoretiske oppgåver knytta til tema som er diskutert i kurset
  • bruke PyMol, et program for å jobbe med proteinstrukturer, på nybegynnernivå
  • arbeide i en gruppe for å lage ei (obligatorisk) skriftleg oppgåve om et MOL310-relevant emne på et tema sin gruppene veler. Oppgåva må holde et godt nivå (studentanes innsikt, klarheit i presentasjonen og riktig bruk av terminologi er somme av kriteria).

Generell kompetanse

Studenten har

  • evne til å sette omgrep diskutert i MOL310 i en breiare biologisk og kjemisk kontekst, og dessutan trekkje sine eigne konklusjonar uavhengig av eksisterande materiale
  • forstått korleis bestemt protein oppnår sine spesifikke og unike eigenskapar
  • evne til å formidle kvalitative og kvantitative aspektar av strukturell molekylærbiologi, munnleg og skriftleg, med både spesialistar og ikkje-spesialistar som målgruppe
  • evne til å navigere, forstå og bruke innhaldet i The Protein Databank
  • bruke vitskapelege kjedar og verktøy for å løyse problem innan strukturbiologi

Krav til forkunnskapar

Bachelorgrad eller tilsvarande omfang molekylærbiologisk kunnskap.

Tilrådde forkunnskapar

Generell god bakgrunn i organisk kjemi og molekylærbiologi.

Studiepoengsreduksjon

MOL305: 15 studiepoeng

KB301: 15 studiepoeng

Krav til studierett

For oppstart på emnet er det krav om ein studierett knytt til eit masterprogram/Ph.d-utdanninga ved Det matematisk-naturvitskaplege fakultet, samt at du oppfyller ev opptakskrav

Arbeids- og undervisningsformer

.

Obligatorisk undervisningsaktivitet

Obligatorisk oppmøte til orienteringsmøte angåande skriftleg oppgåve. Gjennomførte aktivitetar er gyldig i seks semester (undervisningssemesteret og dei fem påfølgande semestra). All obligatorisk aktivitet må vere godkjend før ein kan ta eksamen.

Første forelesing/orienteringsmøtet er obligatorisk.

Vurderingsformer

Skriftleg oppgåve (25%) og skriftleg skuleeksamen (75%). Grunna situasjonen med koronavirus vert eksamen våren 2020 gjennomført som digital skriftleg skuleeksamen-heime. Eksamen vil være på 4,5 time (der 0,5 time er kompensert for teknisk tid).

Tillatne hjelpemiddel: Enkel kalkulator i samsvar med modell oppført i fakultetets reglar. Alle eksamenar må være fullført for å få karakter i emnet i undervisningssemesteret.

For semester utan undervisning kan studenten avlegje skrifteleg eksamen dersom dei har gyldig vurdering på skriftleg oppgåve. Resultatet frå oppgåva (25%) og skrifteleg eksamen (75%) utgjer karaktergrunnlaget.

Grunna tiltaka mot spreiing av SARS-CoV-2 er UiB stengd for undervising og gjennomføring av campus-eksamen. Våren 2021 er det følgande endringar i vurdering i emnet:

  • Skriftleg eksamen tel 65% av karaktergrunnlaget
  • Oppgåva tel 35% av karaktergrunnlaget

Hjelpemiddel til eksamen

Lærebøker, undervisningsmateriell, eigne notatar og internett er tillate under skriftleg skuleeksamen heime, saman med enkel kalkulator is amsvar med modellar angitt i fakultetet sine reglar. Under skuleeksamen -heime er det ikkje lov med samarbeid med medstudent(ar) eller andre. Vidare er det viktig å ikkje forstyrre medstudentar under eksamen.

Karakterskala

Ved sensur av emnet vert karakterskalaen A-F nytta.

Vurderingssemester

Det er ordinær eksamen kvart semester

Litteraturliste

Litteraturlista vil vere klar innan 01.06. for haustsemesteret og 01.12. for vårsemesteret.

Emneevaluering

 Studentane skal evaluere undervisninga i tråd med UiB og instituttet sitt kvalitetssikringssystem.

Programansvarleg

Programstyret har ansvar for fagleg innhald og oppbygging av studiet og for kvaliteten på studieprogrammet og alle emna der.

Administrativt ansvarleg

Det matematisk-naturvitskaplege fakultet ved Institutt for biovitskap har det administrative ansvaret for emnet og studieprogrammet.

Kontakt

Studierettleiar ved Institutt for Biovitenskap, studie@bio.uib.no

Eksamensinformasjon

  • Klokkeslett for oppstart av skriftlig eksamen kan endre seg fra kl 09.00 til 15.00 eller vice versa inntil 14 dager før eksamen.

  • Vurderingsordning: To skriftlege prøvar

    Trekkfrist
    01.11.2021
  • Vurderingsordning: Skriftleg skuleeksamen

    Dato
    28.09.2021, 09:00
    Varigheit
    4 timer
    Trekkfrist
    14.09.2021
    Eksamenssystem
    Inspera
    Digital eksamen