Hjem
Institutt for geovitenskap
LabELISA

Geomikrobiologilab

På Geomikrobiologisk laboratorium analyseres for det meste prøver fra dyphavet. Det utføres ekstraksjon og amplifisering av DNA, identifisering og dyrking av mikroorganismer samt kvantifisering og karakterisering av forskjellige mikrobielle grupper i geologiske og biologiske prøver.

Hovedinnhold

Ekstraksjon av genetisk materiale

Ekstraksjon av genetisk materiale er viktig når man arbeider med geomikrobiell forskning. Vi er avhengige av ekstrahert DNA for å kvantifisere og karakterisere livsformer i ulike typer prøver. Prøvetaking foregår i ulike landlige og marine miljøer. For å isolere DNA bruker vi ekstraksjonssett og protokoller. Ekstraksjonen følger rutinemessige protokoller og kvalitetssikres ved kvantifisering og visualisering av DNA før videre analyser.

DNA-amplifisering

Isolert genmateriale fra prøveinnsamling er ofte begrenset i mengde og kan være av dårlig kvalitet. Geomikrobiologilaboratoriet er utstyrt med Applied Biosystems Venti thermal cycles, som utfører Polymerase chain-reaksjoner (PCR). Dette brukes for å gjenskape og produsere mer DNA for videre analyser. Den molekylærbiologiske metoden tillater rask produksjon av spesifikke DNA, spesifisert av korte DNA-fragmenter, kaldt primere. Produksjonen av DNA er drevet av et mikrobielt enzym DNA Polymerase som i større mengder gjør det mulig å bruke DNA i analyser som sekvensering, kloning eller miljøanalyser av den opprinnelige prøven.

Et mer spesialisert instrument med fluoriserende fargestoffer brukes for overvåkning av PCR-amplifiseringen. Applied Biosystems StepOnePlus quantitative PCR (qPCR) - maskinen gjør det mulig med kvantitativ vurdering av mikrobiologiske prøver basert på de forskjellige primerne som brukes for amplifisering.

Dyrking

Dyrking av mikroorganismer er en vanlig mikrobiologisk metode. For å få en forståelse av mikroorganismer og de mikrobielle samfunnene som finnes på dyphavet, er det viktig å kunne isolere rene kulturer for å beskrive funksjonene og observere deres vekst. For å kunne utføre dette er geomikrobiologilaboratoriet utstyrt med det som kreves for dyrking av forskjellige mikroorganismer. Laminære flyteskap og avtrekksstasjoner muliggjør ren preparering av nødvendige vekstmedier. Laboratoriet er også utstyrt med flere statiske og ristende inkubatorer fra Binder, Termaks og Gerhardt, samt en Whitley A35 anaerob arbeidsbenk for arbeid med organismer som ikke tåler tilstedeværelse av oksygen.

Fluoriserende in situ hybridisering

Geomikrobiologilaboratoriet er utstyrt med et Zeiss fluorescensmikroskop. I tillegg til høykvalitets bilder, kan dette mikroskopet også brukes til fluoriserende in situ hybridisering (FISH) metoden. Med FISH kan man bruke fluorescerende genmerker for å visuelt avbilde og identifisere mikroorganismer med spesifikke genetiske egenskaper og for å skille mellom forskjellige grupper av mikroorganismer i prøvene.

Geokjemiske analyser

Laboratoriet er utstyrt med et Seal Analytical QuAAtro39 AutoAnalyzer-system. Systemet brukes hovedsakelig til å utføre næringsanalyser av porvannsprøver tatt fra forskjellige miljøer. Analysene informerer oss om konsentrasjonene av en rekke viktige molekyler som NO3–, NO2–, PO4 og NH4 +.