NY DOKTORGRAD
Dataverktøy for proteinforskning
 |
“Computational methods in high-throughput proteomics research”
Nyere metoder for analyser av biologiske prøver har gitt forskere muligheten til å undersøke hvilke proteiner som til en hver tid befinner seg i alt fra bakteriekolonier til blodprøver. Ved å kartlegge sammensetningen av proteiner i biologiske systemer lærer man mer om proteiner som er viktige i forskjellige prosesser. Samtidig får man innsikt i de tilhørende genene, siden hvert protein har en oppskrift som ligger i et tilhørende gen.
Samtidig som disse nye metodene øker vår mulighet til å forstå komplekse biologiske problem, skaper de en del hodebry for forskerne som må navigere gjennom denne jungelen av informasjon. For å sikre en god utnyttelse av dataene er det avgjørende å ha tilgang til dataverktøy som kan utføre grupperinger, prediksjoner og kvalitetskontroll på en måte som ikke er mulig uten bruk av datamaskiner.
Avhandlingen omhandler flere sentrale temaer innenfor forskning på store mengder proteindata, basert på både proteinenes byggesteiner (aminosyrene) og eksperimentelle massespektrometriske data. De fem artiklene som avhandlingen består av har resultert i dataverktøy som kan benyttes fritt av forskere som arbeider med denne type data. Verktøyene har forskjellige bruksområder, men alle muliggjør gjennomgang av tusenvis av proteinsekvenser og massespektrogram på jakt etter informasjon og mønstre som det ikke ville være mulig å oppdage ved manuell gjennomgang.
Personalia:
Kristian Flikka er født i 1978 i Flekkefjord, Norge. Han er utdannet cand. scient. i informatikk ved Universitetet i Bergen i 2003, og har siden jobbet med doktorgraden tilknyttet Institutt for informatikk, Universitetet i Bergen; Computational Biology Unit, Bergen Center for Computational Science og Proteomikkplattformen ved Universitetet i Bergen (PROBE). Han jobber nå som forsker ved TipoGen AS, Bergen.
Tidspunkt og sted for disputasen:
19.10.2007, kl. 13:00, Stort Auditorium, rom 2144, Datablokken, Høyteknologisenteret, Thormøhlensgt. 55
Kontaktpersoner:
Kristian Flikka, mob: 952 24 952, epost: kristian.flikka@ii.uib.no
Mediekontakt Mia Kolbjørnsen, tlf. 55 58 90 39 (a), e-post: mia.kolbjornsen@form.uib.no
Avhandlingen kan lånes på Det matematisk-naturvitenskapelige fakultetsbibliotek. For kjøp/bestilling av avhandlingen kontakt kandidaten direkte.