Ny oversiktsartikkel: Potensialet ved fritt tilgjengelige proteomikkdata
Forskere tilknyttet KGJ Senter for MS Forskning har i oktober publisert en oversiktsartikkel som ser på potensialet ved bruk av fritt tilgjengelige proteomikkdata, i det internasjonale tidsskriftet Proteomics.
Hovedinnhold
I denne oversiktsartikkelen går vi igjennom hvordan de store mengdene av fritt tilgjengelig eksperimentelle data innen storskala proteinforskning blir utnyttet og hvordan de i framtiden kan utnyttes bedre. Vi fokuserer på fire hovedområder : 1) bruk av data, 2) gjenbruk av data, 3) reprosessering av rådata og 4) bruk av data til nye formål.
Når det gjelder bruk av data så finnes det et antall databaser som samler relevant informasjon og gjør den søkbar slik at forskerne kan innhente informasjon av interesse på en enkel måte, påpeker medforfatter Frode Berven.
Ved gjenbruk av data blir ikke data bare hentet ut, men også brukt som kunnskapsgrunnlag for nye eksperimenter. Eksempler kan være informasjon om kvantitative assays som kan brukes for å sette opp tilsvarende assays i egne prosjekter.
Ved reprosessering hentes rådata ut fra databasene og prosesseres på nytt med forbedret software eller nye databaser som grunnlag for proteinsøkene.
De tilgjengelige dataene kan også brukes til andre formål, for eksempel dersom man er ute etter å kartlegge post-translasjonelle modifiseringer eller isoformer som det ikke ble søk etter i den originale analysen.
Disse fire prinsippene er beskrevet i detalj i artikkelen, og det henvises til denne for ytterligere eksempler og konkret informasjon om databaser.
Referanse:
