Molekylær karakterisering av reseptorer involvert i håndteringen av fremmedstoffer i torsk

Torsken sitt genom ble nylig sekvensert og publisert. Dette  har åpnet for annotering og kartlegging av alle genene som er til stede i torsk. Med bruk av bioinformatiske verktøy har vi nylig har gjort et veldig interessant funn: transkripsjonsfaktoren PXR (pregnan X receptor/promiscuous xenobiotic receptor) er ikke tilstede i torsk. Dette er en transkripsjonsfaktor som i andre vertebrater har en essensiell rolle i gjenkjennelsen og håndteringen av skadelige kjemikalier og forbindelser. Dette åpner spennende spørsmål om hvordan torsk har utviklet andre mekanismer for å håndtere eksponering mot fremmedstoffer. Vi har et pågående arbeid der vi undersøker om en homolog av PXR, VDR (vitamin D reseptor), har overtatt PXR sin rolle som en xenobiotisk reseptor. En annen transkripsjonsfaktor som gjenkjenner fremmedstoffer er AhR (aryl hydrokarbon receptor). AhR gjenkjenner dioksin-like forbindelser og initierer genuttrykningen av mange enzymer med viktige roller i biotransformasjonen (bl.a. CYP1A). AhR fra torsk er ikke fullstendig karakterisert, heller ikke når det gjelder substratspesifisitet. I denne oppgaven vil vi klone genet som koder for AhR i torsk, og benytte dette i et luciferase ligandaktiveringsassay for å studere AhR sin evne til å binde og aktiveres av ulike fremmedstoffer. 

Teknikker som vil bli benyttet i oppgaven

•  Resing av RNA fra levervev og tillaging av cDNA
•  Kloning av gen
•  Dyrkning av bakterier og cellekulturarbeid
•  Luciferase ligandaktiveringsassay
•  Bruk av bioinformatiske verktøy for analyser av proteinsekvens
•  Fylogenetiske analyser

Vil du vite mer?

Kontakt Forsker Odd André Karlsen
Telefon: 55 58 46 51
Epost: odd.karlsen@bio.uib.no