Hjem

Nye doktorgrader

Genetiske metoder for karakterising av bakterier hos fisk

Øyvind Jakobsen Brevik disputerer 07.11.18 for ph.d.-graden ved Universitetet i Bergen med avhandlingen: "Genetic characterization of intracellular parasitic bacteria in aquaculture species: Proposed best practice for intra and inter species delineation".

Intracellulære bakterier forårsaker flere sykdommer som gir store problemer i akvakultur verden over. Det har vist seg at utvikling av sykdomsreduserende tiltak, som f.eks. vaksiner, er svært utfordrende for disse bakteriene. Eksempelvis er bakterien Piscirickettsia salmonis, som forårsaker sykdommen SRS, en av de største utfordringene for den chilenske lakseoppdrettsnæringen.

Kunnskap om hvilke bakterier som faktisk forårsaker sykdom er viktig for å utvikle nødvendige redskaper for sykdomsbekjempelse i akvakultur. En rivende utvikling i ulike gensekvenseringsteknologier har muliggjort en mer nøyaktig identifisering av bakterier enn hva som er mulig med de fenotypiske metodene som ble benyttet tidligere. I denne doktorgraden har metoder brukt for karakterisering av bakterielle arter og isolater, blitt tilpasset til og anvendt på intracellulære bakterier.

Forskningen har resultert i:

  • Beskrivelsen av den intracellulære bakterien Francisella halioticida, som er en viktig sykdomsfremkallende bakterie i abalone-oppdrett.
  • Et genotypingsverktøy som gjør det mulig å skille mellom ulike P. salmonis isolater og som viser at SRS-utbrudd i Chile skyldes flere isolater tilhørende to ulike genotyper.
  • Utviklingen av det første variable number of tandem repeats analyseverktøy for bakterier som gir sykdom hos fisk. Dette analyseverktøyet gjør det mulig å skille Francisella noatunensis isolater fra hverandre.

Identifikasjon av en bakterieart som gir sykdom, er både av vitenskapelig og praktisk betydning for senere identifisering, samt for utvikling av sykdomsbegrensende tiltak.

Gjennom dette forskningsarbeidet er det utarbeidet et metodeforslag for hvordan man på best måte kan beskrive nye sykdomsfremkallende intracellulære bakteriearter og isolater i akvakultur. Denne metoden baserer seg i stor grad på genetiske verktøy, men nyttiggjør seg også av mer tradisjonelle verktøy som f. eks. isolering og bakteriedyrking.

Personalia

Øyvind Jakobsen Brevik (født 22.05.1981) er utdannet fiskehelsebiolog fra UiB (årskull 2007). Han har jobbet som forsker i Cermaq Group AS sin forskningsavdeling i 7 år. Øyvind har spesiell forskningskompetanse innen bakteriologi, epidemiologi og diagnostikk relatert til fiskesykdommer.

I løpet av de siste årene har han vært forfatter eller medforfatter på hele 19 vitenskapelige publikasjoner. Han har også vært veileder for flere masterstudenter ved fiskesykdomsgruppen ved UiB.