Hjem
Nye doktorgrader
Ny doktorgrad

Stopped in translation: dynamikken i proteinsyntese

Katarzyna Anna Chyżyńska disputerer 15.10.19 for ph.d.-graden ved Universitetet i Bergen med avhandlingen "Insights into translational regulation from ribosome profiling data".

En celle er en velorganisert fabrikk av genetiske elementer som samvirker for å sikre riktig funksjon og utvikling av en organisme. Grunnlaget for dette er kopiering av gener fra DNA til RNA. RNA fester seg videre til ribosomer - molekyler som utfører proteinsyntese i en prosess som kalles translasjon. Hastigheten på translasjon varieres, og dens presis regulasjon har stor betydning for bl.a. utvikling, nevrologisk sykdom og kreft.

En nylig utviklet eksperimentell teknikk kalt ribosomprofilering gir øyeblikksbilde av alle proteiner som produseres aktivt i en organisme på et gitt tidspunkt og hvor raskt blir de produsert. Teknikken har gjort mulig detaljerte studier på proteinsyntese, men som med alle nye teknikken, inneholder den mye skjevheter.

I mitt doktorgradsarbeid har jeg undersøkt dynamikken i proteinsyntese ved hjelp av bioinformatikk og statistikk. Først har jeg utviklet en programvare for prosessering av ribosomprofileringsdata som gjør dem sammenlignbare. For det andre har jeg behandlet store mengder data fra gjær, fruktflue, sebrafisk, mus og menneske og funnet tusenvis av proteiner hvor translasjon hastighet er veldig lav på identiske posisjonene i de forskjellige organismer. For det tredje har jeg undersøkt årsakene og virkningene av slik lav hastighet på proteinsyntese. Mange av slike posisjoner viser seg å være involvert i RNA-metabolisme: syntese, folding, prosessering, transport og nedbrytning av RNA-molekyler. Resultatene fra dette prosjektet bidrar til å øke vår forståelse av hvordan proteinsyntese reguleres, og kan videre legge grunnlag for fremtidige studier på dynamikk av translasjon og dens betydning i riktig funksjon av organismer.

Personalia

Katarzyna Anna Chyżyńska har bachelorgrad i Bioteknologi fra Łódź University of Technology og mastergrad i Bioinformatikk og System Biologi fra Danmarks Tekniske Universitet.Doktorgradsarbeidet er utført ved Computational Biology Unit, Institutt for Informatikk, UiB. Hovedveileder har vært Ph.D. Sushma N. Grellscheind , med Ph.D. Eivind Valen som biveileder.