Interaktiv og brukervennlig analyse av proteomikkdata

Moderne teknologier som genekspresjon og proteomikk genererer store mengder biomedisinske data, noe som krever avanserte bioinformatikkverktøy for effektiv tolkning. Slike verktøy forbedrer sykdomsforståelse og behandling gjennom presis biomarkøranalyse. Likevel hemmer inkonsekvente metoder og ufullstendig rapportering i proteomikkstudier gjenbruk og analyse av slike data, og understreker behovet for standardiserte og brukervennlige tilnærminger.

I denne studien utforsket Farag bioinformatiske strategier for å møte sentrale utfordringer innen håndtering og analyse av massespektrometribaserte proteomikkdata. Arbeidet resulterte i utviklingen av tre hovedverktøy: (i) CSF-PR 2.0 – en åpen ressurs for organisering og deling av proteomikkdata, (ii) PeptideShaker Online – et brukervennlig nettverktøy for analyse av proteomikkdata, og (iii) QuickSearchProt – en algoritme for optimalisering av søkeparametere i proteomikkanalyser.

Sammen bidrar disse til en mer integrert og effektiv pipeline for proteomikkforskning, med forbedret dataanalyse, visualisering og håndtering av offentlige datasett. Disse fremskrittene støtter samtidig reproduserbarhet i biomedisinsk forskning og bidrar til bedre diagnostikk og medisinsk behandling.

Forskningen ble utført ved Proteomics Unit (PROBE), Institutt for biomedisin, Universitetet i Bergen, under veiledning av professor Harald Barsnes og medveiledning av professor Frode S. Berven. Doktorgradsarbeidet ble finansiert av Universitetet i Bergen.

Personalia

Yehia Mokhtar Farag, født i 1982 i Egypt, kombinerer programvareutvikling og bioinformatikk. Han har mastergrader fra Liverpool John Moores University og Universitetet i Bergen. Fra 2014 til 2021 jobbet han som ingeniør ved Institutt for informatikk og Institutt for biomedisin ved Universitetet i Bergen.