Hjem
Inge Jonassens bilde

Inge Jonassen

Professor, også leder av Computational Biology Unit
  • E-postInge.Jonassen@uib.no
  • Telefon+47 55 58 47 13+47 905 24 316
  • Besøksadresse
    Høyteknologisenteret i Bergen
    5020 Bergen
    Rom 
    5103
  • Postadresse
    Postboks 7803
    5020 Bergen

Min forskningsfelt er bioinformatikk - utvikling og bruk av informatikk-metoder på analyse av molekylærbiologiske data. Jeg er interessert i metoder for oppdaging av mønstre, data-analyse, algoritmer og maskinlæring anvendt på molekylærbiologiske data. Min forskning inkluderer tett samarbeid med eksperimentelle grupper innen for ulike biologiske og biomedisinske felt. Jeg arbeider med analyse av ulike typer data slik som DNA-sekvenser (og genomer), proteiners sekvenser og struktur, gen-uttrykkingsdata og data produsert av høykapasitets-teknologier innen for eksempel sekvensering. Gruppen min er også engasjert i utvikling og bruk av metoder for integrasjon av data og verktøy innen bioinformatikk.

Jeg underviser primært kurs innen feltet bioinformatikk, men har også undervist blant annet brukerkurs i informatikk og kurs innen databaser. Jeg leder en nasjonal forskerskole for bioinformatikk, biostatistikk og system-biologi (NORBIS).

  • Vis forfatter(e) 2021. Episode 2 - Inge Jonassen forklarer sammenheng mellom kunstig intelligens og proteinfolding.
  • Vis forfatter(e) 2020. Reconstructing ribosomal genes from large scale total RNA meta-transcriptomic data. Bioinformatics. 3365-3371.
  • Vis forfatter(e) 2020. ReCodLiver0.9: Overcoming Challenges in Genome-Scale Metabolic Reconstruction of a Non-model Species. Frontiers in Molecular Biosciences. 10 sider.
  • Vis forfatter(e) 2020. RASflow: an RNA-Seq analysis workflow with Snakemake. BMC Bioinformatics. 9 sider.
  • Vis forfatter(e) 2020. Quantitative transcriptomics, and lipidomics in evaluating ovarian developmental effects in Atlantic cod (Gadus morhua) caged at a capped marine waste disposal site. Environmental Research. 1-11.
  • Vis forfatter(e) 2020. På tide å sette av fem prosent av prosjektmidlene til datahåndtering? . Khrono.no.
  • Vis forfatter(e) 2020. Metagenome-assembled genome distribution and key functionality highlight importance of aerobic metabolism in Svalbard permafrost. FEMS Microbiology Ecology. 13 sider.
  • Vis forfatter(e) 2020. How open databases turn out to be crucial in the fight against Covid-19. NBS-nytt. 38-43.
  • Vis forfatter(e) 2020. Gene-methylation interactions: Discovering region-wise DNA methylation levels that modify SNP-associated disease risk. Clinical Epigenetics. 18 sider.
  • Vis forfatter(e) 2020. Evaluation of a eukaryote phylogenetic microarray for environmental monitoring of marine sediments. Marine Pollution Bulletin. 1-9.
  • Vis forfatter(e) 2020. End-to-End Data Management Toolkit for Norwegian Life Scientists.
  • Vis forfatter(e) 2020. Common gene expression signatures in Parkinson’s disease are driven by changes in cell composition. Acta neuropathologica communications. 1-14.
  • Vis forfatter(e) 2020. Application of quantitative transcriptomics in evaluating the ex vivo effects of per- and polyfluoroalkyl substances on Atlantic cod (Gadus morhua) ovarian physiology. Science of the Total Environment. 1-11.
  • Vis forfatter(e) 2020. A multi-omics approach to study Ppar-mediated regulation of lipid metabolism in Atlantic cod (Gadus morhua).
  • Vis forfatter(e) 2019. dCOD 1.0: DECODING THE SYSTEMS TOXICOLOGY OF ATLANTIC COD (GADUS MORHUA) – HIGHLIGHTS SO FAR.
  • Vis forfatter(e) 2019. dCOD 1.0: DECODING THE SYSTEMS TOXICOLOGY OF ATLANTIC COD (GADUS MORHUA) – HIGHLIGHTS SO FAR.
  • Vis forfatter(e) 2019. Toxicogenomic responses in Atlantic cod (Gadus morhua) after treatment with selected environmental contaminants in vivo and ex vivo.
  • Vis forfatter(e) 2019. The chemical defensome of Atlantic cod (Gadus morhua).
  • Vis forfatter(e) 2019. THE CHEMICAL DEFENSOME OF ATLANTIC COD (GADUS MORHUA): HOW DOES IT DIFFER FROM DEFENSOME NETWORKS IN OTHER TELEOST SPECIES?
  • Vis forfatter(e) 2019. Repeated bronchoscopy examination of the airway microbiome. European Respiratory Journal.
  • Vis forfatter(e) 2019. RASflow: An Easy-to-use RNA-Seq Analysis Workflow.
  • Vis forfatter(e) 2019. ELIXIR.NO - The national infrastructure of bioinformatics.
  • Vis forfatter(e) 2019. EFFECTS OF SELECTED ENVIRONMENTAL ESTROGENS ON EXPRESSION OF FIBROBLAST GROWTH FACTOR SIGNALING PATHWAY GENES IN THE LIVER OF ATLANTIC COD (GADUS MORHUA) IN VIVO AND EX VIVO.
  • Vis forfatter(e) 2019. Chemical warfare in the aquatic environment - The chemical defensome networks of model fish species.
  • Vis forfatter(e) 2019. An Ensemble Feature Selection Framework Integrating Stability.
  • Vis forfatter(e) 2019. An Ensemble Feature Selection Framework Integrating Stability. 7 sider.
  • Vis forfatter(e) 2019. A draft metabolic reconstruction of Atlantic cod (Gadus morhua) liver: how to and what for?
  • Vis forfatter(e) 2019. A draft metabolic reconstruction of Atlantic cod (Gadus morhua) liver .
  • Vis forfatter(e) 2019. A Comparative Analysis of Feature Selection Methods for Biomarker Discovery in Study of Toxicant-treated Atlantic Cod (Gadus morhua) Liver.
  • Vis forfatter(e) 2019. A Comparative Analysis of Feature Selection Methods for Biomarker Discovery in Study of Toxicant-Treated Atlantic Cod (Gadus Morhua) Liver. 10 sider.

Se fullstendig oversikt over publikasjoner i CRIStin.

Se også min profil i google scholar: https://scholar.google.com/citations?user=RqvFRN4AAAAJ&hl=no&oi=ao