Hjem
Nye doktorgrader
Ny doktorgrad

Regulering av genuttrykking på lang avstand ved hjelp av enh

Kirill Jefimov disputerer 9.12.2020 for ph.d.-graden ved Universitetet i Bergen med avhandlingen "The role of acetylation of histone H3 lysine 27 in enhancer function".

Hovedinnhold

Multicellulære organismer har mange forskjellige celletyper, vev og organer. Disse utvikles gjennom fosterutviklingen fra en enkelt celle, den befruktede eggcellen. Selv om alle kroppens celler bærer det samme arvestoffet og de samme ca 20.000 genene, karakteriseres de forskjellige celletypene ved forskjellige profiler av aktive og inaktive gener. Hvordan er dette mulig?

Genomet er ikke tilfeldig stuet sammen i cellekjernene. DNA-trådene er bundet av en mengde forskjellige proteiner som pakker og organiserer genomet som kromatin i cellekjernen. Kromatin tjener også som en funksjonell organisering og bidrar til regulering av genuttrykking. Dynamiske endringer i kromatinstrukturen spiller en kritisk rolle i regulering av genomet og bidrar også til å gi cellene en form for hukommelse, dvs. egenskaper som nedarves gjennom generasjoner av celler uten at det skjer endringer i DNA-sekvensen. Kromatinets grunnenheter kalles nukleosomer som DNA er kveilet rundt en kjerne av åtte histonproteiner. Hvert histon har en ustrukturert «hale» som kan bli gjenstand for biokjemiske modifikasjoner som metylering og acetylering. Disse kan tjene som bindingsseter for andre proteiner: enzymer og «proteinmaskiner» som deltar i regulering av kromatin og genuttrykking.

Med sin avhandling har Jefimov hatt som mål å identifisere hvilken rolle én av disse histonmodifikasjonene har. Denne modifikasjonen (H3K27ac) er knyttet til regulatoriske sekvenser i DNA som kalles enhancere. En enhancer kan komme i fysisk kontakt med startstedet til et gen selv om de kan sitte langt fra hverandre på kromosomet. Jefimov har funnet et proteinkompleks (GBAF) som kan binde til kromatin som bærer H3K27ac. GBAF er selv en «proteinmaskin» som kan endre kromatinstrukturen. I sine eksperimenter har Jefimov og hans kolleger vist hvordan H3K27ac kan tenkes å bidra til korrekt genregulering. Dersom GBAF sin binding til H3K27ac blir forstyrret, kan dette tenkes å bidra til utvikling av sykdom, som f.eks. kreft.

Personalia

Kirill Jefimov, født 21. mai 1987 i Kohtla-Järve, Estland. I 2012 fikk han sin mastergrad i genteknologi under veiledning av Lilian Kadaja-Saarepuu, Universitetet i Tartu, basert på studier av dysregulering av onkogenet CD43. I 2013 startet han på sitt doktorgradsarbeid om enhancerkromatin under veiledning av professor Rein Aasland, Molekylærbiologisk institutt, UiB. Han har hatt forskningsopphold både ved Radboud Universitetet i Nijmegen og ved Universitetet i Oslo.

Avhandling

Avhandlingen er tilgjengelig i  BORA (søk på kandidatens navn). Dersom den ikke er tilgjengelig her kan den være tilgjengelig på forespørsel til kandidaten.