Hva bestemmer hvor transkripsjon av gener skal starte?

Informasjonen om utviklingen fra en enkelt celle til en hel organisme blir lagret i DNA. For å gjøre denne informasjonen aktiv og tilgjengelig er det nødvendig å avlese den, en prosess som starter med det som kalles gentranskripsjon. Promotorene er stedene i DNA hvor transkripsjonen av individuelle gener starter, og de regulerer når og i hvilke celler gener vil bli uttrykt i løpet av organismens utvikling.

Metodene som er utviklet og resultatene som er presentert i avhandlingen har fokus på nye typer analyser av presise data om start av transkripsjon av gener. Haberle og kolleger studerte aktiviteten til gener i genomet av sebrafisk (Danio rerio), som er en viktig modellorganisme innen genetikk, embryoutvikling og forskning på genetiske årsaker til komplekse sykdommer. I studiet analyseres den nøyaktige starten av tusener av gener og viser at disse kan endres i løpet av tidlig embryoutvikling. Disse endringene følger bestemte regler som er lagret i promotoren og kan ofte overlappe hverandre i samme DNA-sekvens. Lignende endringer kan observeres i gener som er aktive under dannelsen av forskjellige celletyper i andre dyr, for eksempel mus.

Haberle har også utviklet et sett av bioinformatiske verktøy som muliggjør innhenting av data fra publiserte gener om start av transkripsjon, deres visualisering og analyse.

Kunnskap om mekanismer for regulering av gentranskripsjon åpner for bedre forståelse av normal utvikling av celler og kan ha direkte anvendelse i flere medisinske spørsmål som utvikling av kreft.

Personalia:
Vanja Haberle, født i 1986, kommer fra Kroatia. Hun har en mastergrad i molekylærbiologi fra Universitetet i Zagreb, Kroatia. I løpet av masterstudiet hadde hun et forskningsopphold ved Universitetet i Bergen. I 2010 ble hun ansatt som universitetsstipendiat i Dr. Boris Lenhards gruppe ved Institutt for biologi, Universitetet i Bergen.  Hun har også hatt et opphold ved Imperial College London og MRC Clinical Sciences Centre i London, Storbritannia. Veileder har vært Dr. Boris Lenhard.