Hjem
Nye doktorgrader
Ny doktorgrad

CRISPR verktøy for moderne genomredigering

Kornel Labun disputerer 27.01.2020 for ph.d.-graden ved Universitetet i Bergen med avhandlingen "In silico design and analysis of targeted genome editing with CRISPR".

CRISPR-Cas-systemer har revolusjonert genomredigering de siste årene. Forskere over hele verden ønsker å benytte CRISPR-Cas i deres systemer, men blir ofte holdt igjen av mangelen på verktøy for å designe eksperimenter i deres modellorganisme.

For å hjelpe forskere til å gjennomføre sine CRISPR-Cas experimenter utviklet vi CHOPCHOP som over de siste årene har blitt et av de mest siterte og brukte verktøyene i verden. Etter den første utgaven av CHOPCHOP, gjennomgikk imidlertid feltet en enorm utvikling og i mitt arbeid har jeg derfor videreutviklet CHOPCHOP for å imøtekomme disse funnenen. Blant annet har jeg utviklet metoder for design av nickase-eksperimenter, metoder for å målrettet slå ut spesifikke gen-isoformer, maskinlæringsalgoritmer for effektivitetsscoring og reparasjonsprofilprognose.

Etter et CRISPR-Cas eksperiment er gjennomført er det videre behov for analyse av data og validering av genomendringene. For dette behovet har jeg utviklet et annet verktøy: ampliCan, en R-pakke som gjør det mulig å gjennomføre tusenvis av genendringer parallelt. Den har en rekke funksjonaliteter som automatisert normalisering og nøyaktig estimering av redigeringseffektiviteter. Jeg har videre benchmarket ampliCan i å håndtering av en rekke redigerings-scenarioer og visst at den overgår andre sammenlignbare verktøy.

Begge disse verktøyene ble utviklet med ideen om at biologer skal kunne gjennomføre CRISPR-Cas eksperimenter med letthet uten å kreve en dyp forståelse samtidig som at erfarne eksperter kan justere innstillingene til deres formål. Jeg håper med dette at disse verktøyene vil lette implementering av CRISPR-Cas teknologien for biologene og føre til flere store gjennombrudd i fremtiden.

Personalia

Kornel Labun ble født i 1990 i Polen. Han har forsvart sin mastergrad ved Silesian University of Technology med tittelen "Spatial evolutionary games as a tool for modellering inter-population interactions".