Home
New phds

Warning message

There has not been added a translated version of this content. You can either try searching or go to the "area" home page to see if you can find the information there
Ny doktorgrad

CRISPR verktøy for moderne genomredigering

Kornel Labun disputerer 27.01.2020 for ph.d.-graden ved Universitetet i Bergen med avhandlingen "In silico design and analysis of targeted genome editing with CRISPR".

CRISPR-Cas-systemer har revolusjonert genomredigering de siste årene. Forskere over hele verden ønsker å benytte CRISPR-Cas i deres systemer, men blir ofte holdt igjen av mangelen på verktøy for å designe eksperimenter i deres modellorganisme.

For å hjelpe forskere til å gjennomføre sine CRISPR-Cas experimenter utviklet vi CHOPCHOP som over de siste årene har blitt et av de mest siterte og brukte verktøyene i verden. Etter den første utgaven av CHOPCHOP, gjennomgikk imidlertid feltet en enorm utvikling og i mitt arbeid har jeg derfor videreutviklet CHOPCHOP for å imøtekomme disse funnenen. Blant annet har jeg utviklet metoder for design av nickase-eksperimenter, metoder for å målrettet slå ut spesifikke gen-isoformer, maskinlæringsalgoritmer for effektivitetsscoring og reparasjonsprofilprognose.

Etter et CRISPR-Cas eksperiment er gjennomført er det videre behov for analyse av data og validering av genomendringene. For dette behovet har jeg utviklet et annet verktøy: ampliCan, en R-pakke som gjør det mulig å gjennomføre tusenvis av genendringer parallelt. Den har en rekke funksjonaliteter som automatisert normalisering og nøyaktig estimering av redigeringseffektiviteter. Jeg har videre benchmarket ampliCan i å håndtering av en rekke redigerings-scenarioer og visst at den overgår andre sammenlignbare verktøy.

Begge disse verktøyene ble utviklet med ideen om at biologer skal kunne gjennomføre CRISPR-Cas eksperimenter med letthet uten å kreve en dyp forståelse samtidig som at erfarne eksperter kan justere innstillingene til deres formål. Jeg håper med dette at disse verktøyene vil lette implementering av CRISPR-Cas teknologien for biologene og føre til flere store gjennombrudd i fremtiden.

Personalia

Kornel Labun ble født i 1990 i Polen. Han har forsvart sin mastergrad ved Silesian University of Technology med tittelen "Spatial evolutionary games as a tool for modellering inter-population interactions".