Å forske fra hjemmekontor

Timene før lockdown – å sikre verdifullt biologisk materiale

Pågående forskningsprosjekter i laboratoriene måtte brått avsluttes med noen få timers varsel.  I tiden før nedstengning hadde det vært høy aktivitet på lab’en og masterstudentene var midt i den viktige innspurten til vårens mastereksamen.

Hanne Øye, masterstudent i NAT-gruppen, Institutt for biomedisin, hadde forut for nedstengningen lagt ned mye tid på å modifisere og dyrke opp flere verdifulle cellelinjer fra kreftpasienter. Hun hadde nylig fått de siste cellekulturene til å trives og var klar for å bruke dem i eksperimenter som skulle gi bidrag til viktige resultater i hennes masterprosjekt. «På kun to timers varsel skulle vi avslutte alle lab-aktiviteter og dette resulterte i frenetisk aktivitet for å redde mine 11 verdifulle cellekulturer», sier Hanne. «De neste dagene hjemme var jeg bekymret for om jeg ville kunne klare å levere nok resultater til masteravhandlingen.»

Metodologisk framskritt for studier av kreftceller på vandring
I forkant av nedstengningen hadde Hanne, Henriette Aksnes (veileder og forsker) og jeg, sendt inn et manuskript til vurdering hos det vitenskapelige tidsskriftet Scientific Reports. Vi ønsket å publisere en metode vi hadde brukt for å studere kreftcellers invaderende egenskaper. Metoden baserer seg på en mikroskopi-teknikk for levende cellekulturer, kalt digital holografisk mikroskopi (DHM) som vi tidligere hadde brukt til å studere kreftcellers migrerende kapasitet og cellemorfologi. Vi ønsket nå å overvåke kreftcellers invaderende potensiale og undersøkte derfor om HoloMonitor-mikroskopet håndterte å ta gode bilder for kvantitativ analyse når vi lot cellene invadere gjennom et tykt lag med Matrigel (3D matrix). Da vi fikk dette til, ble vi positivt overrasket siden dette ikke var en oppført applikasjon for instrumentet. Dette kan forklares med at HoloMonitoren i hovedsak er utviklet for å studere cellemigrasjon i et forenklet miljø i celleskålen. Vi ønsket derfor at flere burde få kjennskap til at HoloMonitoren også viser seg å være godt egnet til å studere invasjon av kreftceller. Dermed dokumenterte vi metoden og sendte inn et manuskript til en metodeartikkel.

Cellestudier uten cellelab?
Noen uker etter nedstengningen mottok vi fagfellevurderingen på manuskriptet. Reviewerne var dessverre ikke helt overbevist, men de hadde imidlertid gode innspill på hvordan vi kunne forbedre manuskriptet vårt og mente at noen av påstandene burde styrkes med ytterligere data. Lab’ene var fortsatt stengt og ingen tilleggseksperimenter kunne utføres. Dermed måtte løsningene komme fra våre respektive hjemmekontor. HoloMonitorens innebygde programvare viste her sin styrke med et mangfold av applikasjoner, og ga meg mulighet til å re-analysere tidligere bildemateriale hjemmefra. Nye funn ble gjort som styrket våre tidligere resultater. For å fullt ut adressere spørsmålene som var reist i fagfellevurderingen, gikk jeg også tilbake til masterarbeidet mitt som jeg leverte i fjor. Der hentet jeg ut data i form av holografisk bildemateriell i tillegg til fluorescens-bilder tatt med Dragonfly-systemet som finnes i instrumentparken hos Molecular Imaging Center (MIC).

Ut fra hjemmekontor med både mastergrad og artikkel
Ved hjelp av digitale hjelpemidler og ulike programvare-løsninger fikk Hanne, Henriette og jeg, fra hvert vårt hjemmekontor, styrket våre vitenskapelige funn og finpusset på manuskript og figurer. Hannes masteravhandling ble vurdert som fremragende og manuskriptet, i forbedret form, ble akseptert og er nå publisert: «Exploiting the potential of commercial digital holographic microscopy by combining it with 3D matrix cell culture assays». «Våre funn utvider bruksmåten for denne spennende mikroskopi-teknikken og dette er nyttig fordi ved hjelp av denne metode-vrien kan forskere oppnå økt kunnskap om kreftcellers metastatiske egenskaper ved for eksempel å studere hvordan metastase påvirkes av ulike medisiner og kreftcellenes genuttrykk», oppsummerer Henriette.

Mens laboratorier ble stengt ned og mange prosjekter stoppet opp, så var vi heldig med timingen for review-prosessen og det fleksible analyseverktøyet, slik at vi fikk revidert en artikkel og dessuten supplert med ekstra analyser som gjorde at våre funn ble publisert.