Home
New phds

Warning message

There has not been added a translated version of this content. You can either try searching or go to the "area" home page to see if you can find the information there
Ny doktorgrad

Dynamisk modellering av biokjemiske reaksjonsnettverk

Shirin Fallahi disputerer 5.2.2021 for ph.d.-graden ved Universitetet i Bergen med avhandlingen "Dynamic modelling of biochemical reaction networks and sampling methods for constraint-based models ".

Main content

Mekanistiske matematiske modeller for biologiske interaksjonsdiagrammer kan være et verdifullt verktøy i modellering av molekylær cellebiologi. Disse modellene kan brukes til å estimere reaksjonshastighet og konsentrasjoner i biologiske prosesser.

For å kunne forstå fenomener i biologien, er kunnskap om de kjemiske reaksjonene som foregår inne i cellene i et levende biologisk system nødvendig. Denne kunnskapen kan brukes til å lage et nettverk av reaksjoner i organismen. Gitt at vi vet strukturen til nettverket, er det mulig å estimere de forskjellige komponentene av metabolismen, som reaksjonshastighet/fluks og konsentrasjon. En tilnærming til å analysere fluksene av et metabolsk nettverk er å trekke prøver fra de mulige fluksene/reaksjonshastighetene. En del av avhandlingen er dedikert til å gi en oversikt over to forskjellige rammeverk for å estimere reaksjonshastighetene. Avhandlingen presenterer en omfattende vurdering og en grundig sammenligning av algoritmene som er brukt til å estimere reaksjonshastighetene.

Dynamikken til biokjemiske nettverk kan modelleres med ordinære differensialligninger. De biokjemiske nettverkene er vanligvis store og inneholder mange parametere. I avhandlinger er det utviklet en metode for å sammenligne såkalte reduserte modeller, og hvordan velge modellen som resulterer i lignende dynamikk og usikkerhet som den opprinnelige. Det presenteres også to matematiske modeller for å beskrive endringer i konsentrasjonen av metabolitter over tid for to biokjemiske reaksjonsnettverker.

Personalia

Shirin Fallahi startet doktorgradsstudiene i 2016 ved Matematisk institutt (MI) under veiledning fra Guttorm Alendal, Hans Julius Skaug og Anders Goksøyr fra institutt for biologisk vitenskap. Hun jobber med å utvikle modeller for å analysere metabolske reaksjonsnettverker. Hun har to M.SC. i anvendt matematikk med fokus på bølgeteori og kontrollteori ved henholdsvis ‘Universitetet i Oslo’ og ‘Amirkabir University of Technology’.