Ny diagnostikk for komplekse infeksjonar

16S djupsekvensering er ein metode for påvising av bakterielt DNA som gjer det mogleg å oppnå ei fullstendig karakterisering av infeksjonar som inneheld mange ulike bakteriar (polymikrobielle infeksjonar). Djupsekvensering er lite nytta i diagnostikk av denne type infeksjonar, sjølv om vi veit at mange bakteriar som er til stades i infeksjonen er vanskeleg å påvise ved dyrking.

I avhandlinga vert bruk av 16S djupsekvensering i mikrobiologisk diagnostikk av polymikrobielle infeksjonar hos pasientar med infeksjon i høvesvis lungehola (lungeempyem), galleblærebetennelse og gallegangsinfeksjon undersøkt. Resultata viser at 16S djupsekvensering har ein langt høgare treffsikkerheit enn tradisjonell diagnostikk ved desse infeksjonane.

Lungeempyem er tidlegare forstått som ein komplikasjon til lungebetennelse. I avhandlinga blir det vist at ei stor undergruppe av denne type infeksjon er forårsaka av ei lita gruppe munnholebakteriar som er kjent å også kunne gi infeksjon i tannkjøtt og tannrøter, samt i hjernen (hjerneabscessar). Ved å samanlikne mikrobiologien i desse lungeempyema med resultat frå djupsekvensering av hjerneabscessar, henta frå ein tidlegare norsk studie, vert det vist at desse to infeksjonane er mikrobiologisk svært like. Dette legg grunnlag for ei ny forståing av lungeempyem som i hovudsak ein infeksjon forårsaka av spreiing av bakteriar frå infeksjonar i munnhole, via blodbana, til lungene.

Djupsekvensering er ein svært følsam teknikk, og forureining frå små mengder bakterielt DNA i reagensar og liknande kan gi opphav til feildiagnostisering. I avhandlinga vert den uføreseielege naturen til DNA-forureininga utforska og skildra, og ein metode for å handtere denne forureininga blir foreslått og evaluert.

Avhandlinga viser at metodiske utfordringar ved 16S djupsekvensering kan bli overvunne, at metoden kan gi ny kunnskap om ulike infeksjonar og at den kan spele ei viktig rolle ved diagnostikk av polymikrobielle infeksjonar hos den enkelte pasient.

Personalia

Ruben Dyrhovden (f. 1985) er oppvaksen i Samnanger, og utdanna lege ved UiB (2012). Han er spesialist i medisinsk mikrobiologi og arbeider som overlege ved Mikrobiologisk avdeling, Haukeland Universitetssjukehus. Doktorgraden går ut frå Klinisk institutt 2, UiB. Hovudrettleiar: Seksjonsoverlege, Øyvind Kommedal. Birettleiar: Avdelingssjef, Professor Elling Ulvestad.