Hjem
  • E-postJulia.Romanowska@uib.no
  • Telefon+47 55 58 60 99
  • Besøksadresse
    Kalfarveien 31
  • Postadresse
    Postboks 7804
    5020 Bergen

Jeg er en bioinformatikkspesialist (senior ingeniør) ved BIOS (https://www.uib.no/fg/biostatistikk), der jeg bruker min erfaring innen programmering, strukturell bioinformatikk, genetisk epidemiologi, og data science for å utforske store datamengder, gjennomføre kompliserte analyser, og visualisere resultatene. Jeg er også en av grunnleggerne i R-Ladies Bergen (https://www.meetup.com/rladies-bergen/), en del av R-Ladies Global, som er en støttegruppe for kvinnelige R-programmerer.

I mitt tidligere prosjekt, var jeg ansvarlig for kvalitetskontrollen av store dataset av epigenetiske markører (DNA metylering). Som en del av teamet, utviklet jeg en R pakke for å forenkle tilgang til de store data mengder. Vi forberedet og gjennomførte analysene for å sjekke kvaliteten på data og for å omstrukturere dem til videre bruk. Før dette, studerte jeg kompleksiteten av genetiske interaksjoner som kan føre til sykdom. Prosjektet var et samarbeid mellom Prof. Rolv Terje Lie (IGS, UiB) og Prof. Inge Jonassen (CBU, UiB) og integrerte metoder fra statistikk, genetikk, epidemiologi og bioinformatikk, for analyse av store genetiske dataset. Jeg var ansvarlig for implementering av nye metoder som utvikles i forskningsgruppen, hvor jeg brukte R (Haplin R pakke). Ved siden av hovedprosjektet, var jeg involvert i analyser og visualisering av resultatene fra andre studier i forskningsgruppen.

Før jeg kom til Bergen, jobbet jeg på Heidelberg Institute for Theoretical Studies, i Tyskland, hvor jeg skaffet meg forskningsmidler fra den prestisjetunge European Molecular Biology Organization (EMBO). Arbeidsoppgavene mine inkluderte utvikling og implementering av programvare for simulering av biomolekylære interaksjoner (strukturell bioinformatikk), som en del av utviklingsteamet, samt analyse av simuleringene og visualisering av resultatene. Programvaren er skrevet i Fortran (SDA, Simulation of Diffusional Association), men jeg brukte også R og Python. I løpet av mitt dotorgradsstudie i fysikk (med spesialisering i teorietisk biofysikk) ved University of Warsaw, Warszawa, Polen, studerte jeg interaksjoner mellom protein og antibiotika. I løpet av doktorgraden, utivklet jeg selvstendig programvare i Java for analyser av biomolekylære bevegelser (GeoStaS). Parallelt til mitt doktorgradstudie, tok jeg flere fag i informatikk blant annet programmering, algoritmer, kodeteori, og maskinlæring.

Jeg var en emneansvarlig for kurset "Anvendt bioinformatikk II" (MOL217) i vår semesteret 2017.

 

Se min side på Mendeley eller Google Scholar.

 

 

 

  • 2020. Design efficiency in genetic association studies. Statistics in Medicine. 19 sider.
  • 2019. Haplin power analysis: a software module for power and sample size calculations in genetic association analyses of family triads and unrelated controls. BMC Bioinformatics. 11 sider.
  • 2019. Gene-methylation interactions: Discovering region-wise DNA methylation levels that modify SNP-associated disease risk. bioRxiv - the preprint server for biology.
  • 2019. From genotype to phenotype: Through chromatin. 16 sider.
  • 2019. A genome-wide scan of cleft lip triads identifies parent-of-origin interaction effects between ANK3 and maternal smoking, and between ARHGEF10 and alcohol consumption. F1000 Research. 28 sider.
  • 2018. Analysis of parent-of-origin effects on the X chromosome in asian and european orofacial cleft triads identifies associations with DMD, FGF13, EGFL6, and additional loci at Xp22.2. Frontiers in Genetics. 17 sider.
  • 2018. A genome-wide search for gene-environment effects in isolated cleft lip with or without cleft palate triads points to an interaction between maternal periconceptional vitamin use and variants in ESRRG. Frontiers in Genetics. 16 sider.
  • 2017. Parent-of-origin-environment interactions in case-parent triads with or without independent controls. Annals of Human Genetics. 60-73.
  • 2017. Genome-wide analysis of parent-of-origin interaction effects with environmental exposure (PoOxE): An application to European and Asian cleft palate trios. PLOS ONE. 19 sider.
  • 2017. A new approach to chromosome-wide analysis of X-linked markers identifies new associations in Asian and European case-parent triads of orofacial clefts. PLOS ONE. 23 sider.
  • 2015. When the Label Matters: Adsorption of Labeled and Unlabeled Proteins on Charged Surfaces. Nano letters (Print). 7508-7513.
  • 2015. SDA 7: A modular and parallel implementation of the simulation of diffusional association software. Journal of Computational Chemistry. 1631-1645.
  • 2015. Haplin — a powerful tool for studying gene-environment interactions.

Se fullstendig oversikt over publikasjoner i CRIStin.

Forskergrupper