Hjem

Jeg er en bioinformatikkspesialist (senior ingeniør) ved BIOS (https://www.uib.no/fg/biostatistikk), der jeg bruker min erfaring innen programmering, strukturell bioinformatikk, genetisk epidemiologi, og data science for å utforske store datamengder, gjennomføre kompliserte analyser, og visualisere resultatene. Jeg er også en av grunnleggerne i R-Ladies Bergen (https://www.meetup.com/rladies-bergen/), en del av R-Ladies Global, som er en støttegruppe for kvinnelige R-programmerer.

I mitt tidligere prosjekt, var jeg ansvarlig for kvalitetskontrollen av store dataset av epigenetiske markører (DNA metylering). Som en del av teamet, utviklet jeg en R pakke for å forenkle tilgang til de store data mengder. Vi forberedet og gjennomførte analysene for å sjekke kvaliteten på data og for å omstrukturere dem til videre bruk. Før dette, studerte jeg kompleksiteten av genetiske interaksjoner som kan føre til sykdom. Prosjektet var et samarbeid mellom Prof. Rolv Terje Lie (IGS, UiB) og Prof. Inge Jonassen (CBU, UiB) og integrerte metoder fra statistikk, genetikk, epidemiologi og bioinformatikk, for analyse av store genetiske dataset. Jeg var ansvarlig for implementering av nye metoder som utvikles i forskningsgruppen, hvor jeg brukte R (Haplin R pakke). Ved siden av hovedprosjektet, var jeg involvert i analyser og visualisering av resultatene fra andre studier i forskningsgruppen.

Før jeg kom til Bergen, jobbet jeg på Heidelberg Institute for Theoretical Studies, i Tyskland, hvor jeg skaffet meg forskningsmidler fra den prestisjetunge European Molecular Biology Organization (EMBO). Arbeidsoppgavene mine inkluderte utvikling og implementering av programvare for simulering av biomolekylære interaksjoner (strukturell bioinformatikk), som en del av utviklingsteamet, samt analyse av simuleringene og visualisering av resultatene. Programvaren er skrevet i Fortran (SDA, Simulation of Diffusional Association), men jeg brukte også R og Python. I løpet av mitt dotorgradsstudie i fysikk (med spesialisering i teorietisk biofysikk) ved University of Warsaw, Warszawa, Polen, studerte jeg interaksjoner mellom protein og antibiotika. I løpet av doktorgraden, utivklet jeg selvstendig programvare i Java for analyser av biomolekylære bevegelser (GeoStaS). Parallelt til mitt doktorgradstudie, tok jeg flere fag i informatikk blant annet programmering, algoritmer, kodeteori, og maskinlæring.

Sammen med kollega Türküler Özgümüs tilbyr vi kurs i innføring i R-programmering og data analyse for PhD-studenter i medisin, RMED901.

Jeg var en emneansvarlig for kurset "Anvendt bioinformatikk II" (MOL217) i vår semesteret 2017.

 

Se min side på Google Scholar.

 

 

 

  • Vis forfatter(e) (2023). The X-factor in ART: does the use of assisted reproductive technologies influence DNA methylation on the X chromosome? Human Genomics. 22 sider.
  • Vis forfatter(e) (2023). Statistical methods to detect mother-father genetic interaction effects on risk of infertility: A genome-wide approach. Genetic Epidemiology. 503-519.
  • Vis forfatter(e) (2023). Stability selection enhances feature selection and enables accurate prediction of gestational age using only five DNA methylation sites.
  • Vis forfatter(e) (2023). Stability selection enhances feature selection and enables accurate prediction of gestational age using only five DNA methylation sites. Clinical Epigenetics. 14 sider.
  • Vis forfatter(e) (2023). Nucleated red blood cells explain most of the association between DNA methylation and gestational age. Communications Biology. 11 sider.
  • Vis forfatter(e) (2023). Family-based methods to identify genes implicated in infertility and fetal viability.
  • Vis forfatter(e) (2023). Family-based methods to identify genes implicated in infertility and fetal viability.
  • Vis forfatter(e) (2023). Family-based methods to identify genes implicated in infertility and fetal viability.
  • Vis forfatter(e) (2023). Drug-wide prospective study associates thirty-one drug classes with the risk of Parkinson’s disease.
  • Vis forfatter(e) (2023). Does maternal genetic liability to folate deficiency influence the risk of antiseizure medication-associated language impairment and autistic traits in children of women with epilepsy? American Journal of Clinical Nutrition. 303-313.
  • Vis forfatter(e) (2023). Beta2-adrenoreceptor agonists and long-term risk of Parkinson's disease. Parkinsonism & Related Disorders.
  • Vis forfatter(e) (2023). Association between Use of Any of the Drugs Prescribed in Norway and the Subsequent Risk of Parkinson Disease: A Drug-wide Association Study. Neurology. E2068-E2077.
  • Vis forfatter(e) (2022). The X-factor in ART: does the use of Assisted Reproductive Technologies influence DNA methylation on the X chromosome? bioRxiv.
  • Vis forfatter(e) (2022). Do assisted reproductive technology (ART) procedures influence DNA methylation on the X chromosome?
  • Vis forfatter(e) (2021). Wavelet Screening identifies regions highly enriched for differentially methylated loci for orofacial clefts. NAR Genomics and Bioinformatics. 1-16.
  • Vis forfatter(e) (2021). Definition of Parkinson's disease and estimation of its incidence based on nationwide prescription- and diagnostic data. Journal of the Neurological Sciences.
  • Vis forfatter(e) (2021). A fast wavelet-based functional association analysis replicates several susceptibility loci for birth weight in a Norwegian population. BMC Genomics. 9 sider.
  • Vis forfatter(e) (2020). Gene-methylation interactions: Discovering region-wise DNA methylation levels that modify SNP-associated disease risk. Clinical Epigenetics. 18 sider.
  • Vis forfatter(e) (2020). Design efficiency in genetic association studies. Statistics in Medicine. 1292-1310.
  • Vis forfatter(e) (2020). Chapter Twenty-Eight - approaches in epigenetics studies. 22 sider.
  • Vis forfatter(e) (2019). Haplin power analysis: a software module for power and sample size calculations in genetic association analyses of family triads and unrelated controls. BMC Bioinformatics. 11 sider.
  • Vis forfatter(e) (2019). From genotype to phenotype: Through chromatin. Genes. 16 sider.
  • Vis forfatter(e) (2019). A genome-wide scan of cleft lip triads identifies parent-of-origin interaction effects between ANK3 and maternal smoking, and between ARHGEF10 and alcohol consumption. F1000 Research. 28 sider.
  • Vis forfatter(e) (2018). Analysis of parent-of-origin effects on the X chromosome in asian and european orofacial cleft triads identifies associations with DMD, FGF13, EGFL6, and additional loci at Xp22.2. Frontiers in Genetics. 17 sider.
  • Vis forfatter(e) (2018). A genome-wide search for gene-environment effects in isolated cleft lip with or without cleft palate triads points to an interaction between maternal periconceptional vitamin use and variants in ESRRG. Frontiers in Genetics. 16 sider.
  • Vis forfatter(e) (2017). Parent-of-origin-environment interactions in case-parent triads with or without independent controls. Annals of Human Genetics. 60-73.
  • Vis forfatter(e) (2017). Genome-wide analysis of parent-of-origin interaction effects with environmental exposure (PoOxE): An application to European and Asian cleft palate trios. PLOS ONE. 19 sider.
  • Vis forfatter(e) (2017). A new approach to chromosome-wide analysis of X-linked markers identifies new associations in Asian and European case-parent triads of orofacial clefts. PLOS ONE. 23 sider.
  • Vis forfatter(e) (2015). When the Label Matters: Adsorption of Labeled and Unlabeled Proteins on Charged Surfaces. Nano Letters. 7508-7513.
  • Vis forfatter(e) (2015). SDA 7: A modular and parallel implementation of the simulation of diffusional association software. Journal of Computational Chemistry. 1631-1645.
  • Vis forfatter(e) (2015). Haplin — a powerful tool for studying gene-environment interactions.

Se fullstendig oversikt over publikasjoner i CRIStin.