Anvendt bioinformatikk

Studiepoeng, omfang

10 studiepoeng

Studienivå (studiesyklus)

Bachelor

Undervisningssemester

Haust.

Emnet har eit avgrensa tal på plassar og inngår i undervisningsopptaket ved MN-fakultetet. Fristen for å melde seg til undervisning i emnet er onsdag i veke 33. Du får svar på om du har fått plass på emnet på Studentweb seinast måndag i veka etter fristen.

Det er obligatorisk oppmøte på første forelesing/orienteringsmøtet, og du kan risikere å miste plassen om du ikkje møter. Dersom du ikkje kan møte på første forelesing/orienteringsmøtet må du kontakte studieseksjonen på e-post: studie.bio@uib.no. Tidspunkt for første forelesing/orienteringsmøtet finn du i timeplanen under «Ressursar» øvst til høgre eller på Mitt UiB.

Undervisningsstad

Bergen

Mål og innhald

Emnet gir en innføring i bruk av bioinformatikkverktøy, inkludert analyse av proteinsekvenser, søk i databaser, parvise og multiple sekvenssammenstillinger alignments, fylogenetiske trær, visualisering og analyse av proteinstrukturer, samt en innføring i bruk av Python og Unix for bioinformatiske analyses. Det teoretiske grunnlaget for utvalgte metoder, for eksempel dynamisk programmering, studeres i detalj. Emnet består av forelesninger, øvelser og PC-lab.

Læringsutbyte

Studenten skal ved avslutta emne ha følgjande læringsutbyte definert i kunnskapar, ferdigheiter og generell kompetanse:

Kunnskapar

Studenten

• Kan forklare kva type av data som er tilgjengeleg frå dei mest vanlege proteinsekvens- og strukturdatabasane (UniProt, GenBank, Protein Data Bank, CATH).
• Kan forklare teorien som ligg bak dei mest vanlege metodane for sekvenssøk og sekvenssamanstilling, og særskilt kjenner prinsippet og hovudtrinna for parvis og multippel sekvenssamanstilling.
• Kan forklare og er i stand til å anvende hovudtrinna i dynamisk programmering for enkle samanstillingar av korte sekvensar.
• Kan forklare prinsipper bak rekonstruksjon og tolkning av fylogenetiske trær.
• Kan liste metodar for å vise struktur-funksjon samanheng i protein og kjenner dei underliggjande prinsippa.
• Kan forklare de viktigste fordeler og begrensinger ved berekningsmetodar som nyttast til å føreseia sekundærstrukturelement og 3D strukturar frå proteinsekvensar.
• Studenten har en grunnleggende forståelse for hvordan man bruker unix-kommandoer til å analysere filer med biologisk informasjon
• Kjenne til hovedprinsippa for metagenomisk og metatranskriptomisk analyse.

 Ferdigheiter

Studenten er i stand til;

• å velje ut og nytte dei mest tenlege bioinformatiske sekvens- eller strukturdatabasane for å trekkje ut eller søkje data gitt eit spesifikt spørsmål i molekylærbiologi
• velje ut og nytte dei mest tenlege metodane for samanstilling av sekvensar, rekonstruksjon av evolusjonært slektskap, visualisering og analyse av proteinstrukturar.
• Anvende programmering ved hjelp av Python og Unix i samanheng med bioinformatiske analyser.

Generell kompetanse

Studenten

• kan reflektere med bruk av kunnskap og ferdigheiter i bioinformatikk om eit gitt problem i molekylærbiologi kan tene på ein bioinformatisk tilnærming, og kva for metodar som i så fall vil vere tenlege
• kan i møte med ein ny nettbasert reiskap, få ei generell forståing av dei underliggjande prinsippa ved å bruke teoretisk kunnskap om dei mest nytta bioinformatiske metodane

Krav til forkunnskapar

MOL100 og INF100

Tilrådde forkunnskapar

INF100 Innføring i programmering

Studiepoengsreduksjon

BINF100: 5 sp

KB207: 10 Sp

Krav til studierett

For opptak til emnet er det krav om ein studierett knytt til Det matematisk-naturvitskaplege fakultet og at du oppfyller forkunnskapskrava.

Arbeids- og undervisningsformer

Førelesningar, øvingar.

Obligatorisk undervisningsaktivitet

Førelesningar, øvingar og godkjende oppgåver.

Gjennomførte aktivitetar er gyldig i seks semester (undervisningssemesteret og dei fem påfølgande semestra). All obligatorisk aktivitet må vere godkjend før ein kan ta eksamen.

Vurderingsformer

Skriftleg eksamen, 4 timar. Eventuelt munnleg eksamen avhengig av talet på studentar.

Tillatne hjelpemiddel: Enkel kalkulator i samsvar med modell oppført i fakultetets reglar

Hjelpemiddel til eksamen

Ingen

Karakterskala

Ved sensur av emnet vert karakterskalaen A-F nytta.

Vurderingssemester

Det er ordinær eksamen kvart semester

Litteraturliste

Litteraturlista vil vere klar innan 01.06. for haustsemesteret og 01.12. for vårsemesteret.

Emneevaluering

Studentane skal evaluere undervisninga i tråd med UiB og instituttet sitt kvalitetssikringssystem.

Programansvarleg

Programstyret har ansvar for fagleg innhald og oppbygging av studiet og for kvaliteten på studeprogrammet og alle emna der.

Administrativt ansvarleg

Det matematisk-naturvitskaplege fakultet ved institutt for biovitskap har det administrative ansvaret for emnet og studieprogrammet.