Hjem
Studentsider
PhD-kurs

Datavitenskap med R for medisinske forskere

Hovedinnhold

Kursomtale

Undervisingsspråk

Engelsk

Kursinnhald

Emnet har som mål å gi grunnleggande kunnskap for effektiv handsaming av forskingsdata, og gjennomføring av forskingsprosjekt.

Emnet skal formidle: forståing av basis programmeringskunnskap; oppretting av klare, reproduserbare analyseplanar; moderne retningsliner for digital administrering av prosjekt; smart bruk av IKT-infrastruktur; deling av kode/data.

Innhald:

Grunnleggande programmering (R)

Tidyverse

Analyse av medisinske data

Visualisering (ggplot2)

Versjonskontroll

Grunnleggande dokumentasjon

Deling av kode/data

Læringsutbyte

Kandidaten vil ved avslutta emne ha følgjande læringsutbytte:

Kunnskap

Studenten

  • kan skille mellom R, RStudio og R-pakkar
  • kan forklare steg i utforskande dataanalyse
  • kan gi eksempel for strukturering og utforming av "ryddig" data ("tidy data")
  • forstår kvifor og korleis ein bruker versjonskontroll
  • kan identifisere fleire visualiseringsmetodar som er ofte brukt i dataanalyse
  • kan gi eksempel for reglar for personvern og datadeling innan medisinsk forsking

Ferdigheiter

Studenten

  • kan bruke grunnleggande R-kommandoar for å lese inn og kikke på data
  • kan omstrukturere datasett ved hjelp av tidyverse R-pakken
  • kan lage grafar og figurar ved hjelp av ggplot2 R-pakken
  • kan bruke versjonskontrollprinsipp på egne forskingsprosjekt
  • kan dokumentere filer, kode og mappene i egne prosjekt

Generell kompetanse

Studenten

  • kan foreslå naudsynte steg for gjennomføring av "tidy data analysis"
  • kan velge visualiseringsmetodar som passer best avhengig av datatypen, mål for visualisering, og publikum
  • kan lage dataanalyseplan

Undervisningsperiode

September. Kurset går over to veker, halve dagar.

Studiepoeng

2 studiepoeng.

Formelle krav

Krav til forkunnskapar

Ingen

Tilrådde forkunnskapar

  • Har prøvd å skrive eller å lese eit skript
  • Har prøvd dataanalyse - sjølv om kun to kommandoar og mislykka!
  • Skjønner det er vanskeleg å forstå andre sine skript/program
  • Det er ikkje nausynt med forkunnskap om R, men det er eit pluss

Obligatoriske arbeidskrav

Deltaking er ikkje naudsynt, men anbefalt. Gruppeprosjekt er obligatorisk.

Vurderingsform

I emnet nyttar ein følgande vurderingsformer:

  • Gruppeprosjekt
  • Dokumentasjonen vil bli utarbeida individuelt av medlemmene i gruppa for å vise individuell framgang, og vil bli evaluert ved sida av gruppeprosjektet.
  • Blir vurdert med "Bestått/Ikkje bestått".

Fagleg overlapp

Ingen

Kven kan delta

Ph.d.-kandidatar frå Det medisinske fakultet. Masterstudentar er også velkomne.

Utfyllande informasjon

Kontaktinformasjon

Emneansvarlege

Julia Romanowska
julia.romanowska@uib.no

Türküler Özgümüs
turkuler.ozgumus@uib.no

Administrasjon

Kirsti Andrea Nordstrand
kirsti.nordstrand@uib.no

Fagleg ansvar

Julia Romanowska

Türküler Özgümüs

Kjernelitteratur

Litteraturlista vil vere klar innan 01.06. for haustsemesteret og 01.12. for vårsemesteret.

Undervisningsstad

Bergen

Kontakt

Eksamensinformasjon

Undervisningsperiode

September. Kurset går over to veker, halve dagar.